Dertig jaar na zijn eerste aanval keert Godzilla terug om Tokio voor de zoveelste keer in zak en as te leggen. Deze keer heeft de mensheid echter een gepast wapen tegen het monster: de hyper-geavanceerde straaljager Super X.
Vijf gewone middelbare scholieren moeten iets buitengewoons worden. Ze ontdekken dat hun kleine thuisstadje Angel Grove en de rest van de wereld op het punt staat vernietigd te worden door een buitenaardse bedreiging.
Uitvinder Goro Ibuki creëert een mensachtige robot genaamd Jet Jaguar. Het wordt al snel in beslag genomen door een onderzees ras van mensen genaamd de Seatopians. Met Jet Jaguar als gids sturen de Seatopians Megalon als wraak voor de kernproeven die hun samenleving hebben verwoest.