１９４２年、ソロモン諸島。アメリカ軍は日本軍の駐留するガダルカナル島を、太平洋戦争の重要な拠点と見なしその占拠を図った。ウィット二等兵（ジム・カヴィーゼル）やウェルシュ曹長（ショーン・ペン）をはじめとするアメリカ陸軍Ｃ中隊の面々も作戦に参加、彼らを乗せた上陸用舟艇は美しい南洋の孤島に次々と上陸していく。だが一歩ジャングルの奥に足を踏み入れると、そこは紛うことなき戦場であった……。

1980年、ハワイ沖を航行する原子力攻撃空母ニミッツは突如、奇妙な竜巻の襲来を受けたために真珠湾へ引き返そうとするが、そのまま呑み込まれてしまう。嵐は収まったものの、随伴していた駆逐艦が行方不明で無線にどこからも応答がないなどの異常な事態を認識した艦長は、両舷に緊急警戒態勢を発令すると共に、真珠湾への偵察機を発進させる。ニミッツに近づく飛行機をレーダーによって発見し、調査のためにF-14トムキャットを発進させるが、その飛行機はなんと零戦であった。

元FBI心理分析官テリー・マッケイレブは2年前、連続殺人犯“コード・キラー”を追跡中、突然心臓発作で倒れてしまい、犯人を捕り逃す。心臓を移植して何とか一命を取り留めたテリーは早期退職し、現在はクルーザーでの隠居生活を送っている。そんな彼の前にある日、グラシエラと名乗る見知らぬ女性が現れた。そして、自分の姉を殺害した犯人を探してほしいと依頼する。心臓移植したことを理由に断るテリーにグラシエラは、その心臓が殺された姉のものであることを伝える。その事実がテリーを再び捜査の現場へと引き戻すことになったのだったが…。