De film begint met een scène uit de originele film; WALL•E hangt aan de buitenkant van EVE’s schip en veegt met zijn hand door de ringen van Saturnus. Een van de steendeeltjes die hierdoor loslaat wordt een meteoriet en vernielt een lamp aan de buitenkant van het ruimteschip Axiom. Een BURN-reparatierobot (wat staat voor "Basic Utility Repair Nano Engineer") genaamd BURN-E wordt door de SUPPLY-R, een magazijnrobot, naar buiten gestuurd om de lamp te vervangen. Terwijl hij bezig is, arriveert EVE’s schip bij de luchtsluis aan en vliegt naar binnen. BURN-E wordt afgeleid door WALL•E en laat de lamp vallen.
In de 21e eeuw wordt er eindelijk vrede op Aarde bereikt. Een aanval van de buitenaardse Dracs zorgt er echter voor dat de strijd verder gaat in de ruimte. Door een ongeluk komt een Aardse piloot op een vijandige planeet, waar hij gevangen wordt genomen door een Drac.
Wanneer Shiro Lhadatt, een nieuwe cadet, zich inschrijft bij de Koninklijke Ruimtemacht wordt hij door zowel de manipulatieve leiders als het cynische publiek uitgelachen en genegeerd. Een toevallige ontmoeting met een oprechte jonge vrouw drijft Shiro naar zijn lot, om de eerste man in de ruimte te worden.
Tijdens het tiende jaar van de eerste Cylon-oorlog slaagt William Adama, een jonge piloot, voor zijn studie aan de Academie. Hij wordt toegewezen aan één van de meest krachtige battlestars van de Koloniale vloot: de Galactica.
In dit vervolg op 2001: A Space Odyssey wordt een Amerikaans/Sovjet-expeditie naar Jupiter gestuurd om uit te zoeken wat er mis is gegaan met de U.S.S. Discovery, terwijl de spanningen op aarde steeds groter worden.
Ripley strandt met haar ruimteschip op een gevangeniskolonie. Zonder dat ze het weet heeft ze per ongeluk een Alien meegenomen die zich aan boord had verstopt. Nu moet ze met hulp van de gevangenen de Alien proberen te vernietigen, maar dit is erg lastig aangezien ze niet over wapens beschikken.
Buzz Lightyear zweert om wraak te nemen op de gemene Emperor Zurg nadat hij zijn best vriend Warp Darkmatter om het leven heeft gebracht. Star Command geeft Buzz de opdracht om een aantal nieuwe recruten op te leiden die hem in de strijd tegen Zurg kunnen bijstaan.
Een boer (Billy Bob Thornton) droomt ervan om de ruimte in te gaan en bouwt daarom een raket in zijn boerderij. De media vinden het een erg interessant verhaal, maar de overheid ziet de man voornamelijk als een bedreiging.
In Doctor Who wisselt 'Doctor Who' voor de achtste maal van gedaante om te vechten tegen de kwaadaardige 'Time Lord'. Het verslaan van de 'Time Lord' moet wel gebeuren binnen een dag; voor het nieuwe millennium begint.
Maxim Kammerer is een amateur-ruimteontdekkingsreiziger van de Aarde in de toekomst. Per toeval ontdekt hij een nieuwe planeet, bevolkt door een mensachtig ras. Kammerer vindt het wel stoer dat hij een nieuw volk ontdekt heeft, ook al vernietigen ze meteen zijn ruimteschip. Al snel krijgt Maxim door dat hij in een totalitaire staat terecht is gekomen, inclusief hersenspoelende media, die ook nog eens in oorlog is.
Een vredelievende planeet wordt aangevallen door gemene wezens. De leiders van de planeet besluiten een groep van 7 huurlingen in te huren om de aliens te verjagen. De huurlingen zijn een nogal divers gezelschap en onder leiding van Cowboy (Peppard) trachten zij de planeet te redden. Losjes gebaseerd op Shichinin no Samurai.
Wetenschappers van de NASA staan voor een raadsel als ze onbekende signalen opvangen uit de ruimte. Omdat ze afkomstig lijken van iets dat zich in ons eigen zonnestelsel begeeft, wordt er een bemande missie op afgestuurd.
In de verre toekomst is de Aarde niet langer bewoonbaar, en dus heeft de mensheid andere planeten gekoloniseerd. Tijdens een schoolreisje naar Aarde vindt de klas twee bevroren lichamen: een mooie vrouw en een man met een hockeymasker. Ze besluiten de twee lichamen mee te nemen voor onderzoek. Wat ze echter niet weten is dat de man de beruchte moordenaar Jason Voorhees is.
Chimpansee Ham III, kleinzoon van Ham, de beroemde aap die als eerste de ruimte in ging, gaat samen met zijn maatje met een ruimteschip de ruimte in. Ze komen terecht op een vreemde planeet waar ze een avontuur beleven om de inwoners te redden van een wrede leider.
De befaamde dodelijke Leprechaun heeft zijn zinnen gezet op een buitenaardse prinses Hij wil met haar trouwen, zodat hij koning kan worden. Een groep Amerikaanse mariniers weet hem te stoppen en de prinses mee te nemen naar hun ruimteschip, waar ze wordt verzorgd door een gestoorde wetenschapper. De Leprechaun is hier alles behalve gelukkig mee en wil de prinses koste wat kost terugkrijgen.