海賊船メガファウナに乗り、ジット団を追うベルリ・ゼナムたち。その間に、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット艦隊がカシーバ・ミコシの付近で激しい戦闘を繰り返したことで、地球圏の戦況は一変してしまっていた。戦争が生む悲劇や憎悪を失くそうとするベルリだが、キャピタル・アーミィとジット団の共闘、アメリア軍とドレット艦隊の連帯によって、宇宙戦艦をも撃沈する破壊力を誇るモビルスーツ群が次々と戦場に投入され、やがて戦いの場所は大気圏内に移っていく。

宇宙世紀0083年。新たに開発された2機のガンダムのうち、核弾頭を運用する試作2号機GP02Aが、ジオン軍残党デラーズ・フリートに所属するアナベル・ガトーによって強奪された。 試作1号機GP01のパイロットになったコウ・ウラキは、アナハイム社のSE、ニナ・パープルトンとともに、ガトーを追撃するために新鋭艦アルビオンで宇宙へと上がった。そのコウを迎え撃ったのは、デラーズ・フリートに参加するシーマ・ガラハウだった。　シーマに敗北を喫するコウ。その時、アルビオン艦内には、エギーユ・デラーズの演説が響き渡っていた。それはデラーズ・フリートの宣戦布告であり、星の屑作戦の開幕を告げるものだった。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたベルリ・ゼナム、アイーダ・スルガンらが乗艦するメガファウナは、ついに目的地である金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。地球への帰還＝レコンギスタ作戦を目論むジット団との戦いを経て、アイーダは、「フォトン・バッテリー」の生産と供給を独占している団体「ヘルメス財団」のラ・グー総裁との会談の機会を得る……。