剣の英雄たちが群雄割拠する時代。天下の名剣“グリーン・デスティニー”の使い手としてその名を轟かせる英雄リ－と女弟子ユーは、心惹かれ合いながらも長い間人々のため正義に生きてきた。リーは剣を置く決意をしてグリーン・デスティニーをユーに託し、依頼されたティエ氏に無事剣を届けたユーは、そこで貴族の娘イェンと出会う。その夜、グリーン・デスティニーが何者かに盗まれ、ユーはイェンを疑い彼女の家を訪ねる。

1997年のアメリカ。世の中は文明に犯され、町には暴力が氾濫し、かつては世界の若者の憧れの地であったニューヨークは、今や巨大な監獄と化していた。そこには全米の囚人300万人が放たれ、夢も希望もない生活を送っていた。マンハッタン島の周囲は高い壁が巡らされ、全ての川には電流が流れ、常に上空をヘリコプターが旋回し、自由の女神像はリバティーアイランド・セキュリティー・コントロールと呼ばれる監視塔となっていた。

唐王朝滅亡後、王家には悪意と策謀が満ちていた。王は妃に毒の入った薬を飲ませ、妃は衰弱の一途を辿る。一方、皇太子には想いを交わす娘がいたのだが……。巨匠チャン・イーモー監督作。

世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか！？