En aquest final de saga, Thomas lidera el seu grup en una darrera missió. Hauran d'entrar a la llegendària Last City, un laberint controlat per WCKD que pot arribar a ser el laberint més mortífer de tots. Qualsevol persona que ho superi obtindrà les respostes a les preguntes i els protagonistes volen saber el que realment passa.
De manera renovada, el film explica els últims dies de vida de Jesús abans de morir a la creu. Cansat, fatigat i enmig del desert, Jesús es topa amb el diable, que té la mateixa forma que el profeta.