新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。

ゴジラシリーズ第9作。２０世紀末、国連科学委員会は小笠原諸島のとある島に怪獣ランドを建設。ゴジラをはじめとする怪獣たちを一堂に集め、平和裏に管理していた。だが、怪獣ランドに謎の毒ガスが充満。その直後、怪獣ランドの怪獣たちは世界各地を襲撃し始めるのだった。国連科学委員会はキラアク星人の地球征服計画を突き止め、新鋭宇宙艇ムーンライトＳＹ－３を発進させ、月にあるキラアクの怪獣操縦装置の奪取に成功。地球怪獣連合の反撃が始まる。だがキラアク星人は地球にキングギドラを送り込み、形勢逆転を狙うが…。

第二次大戦末期、ドイツから極秘裏に運ばれた一つの秘密兵器があった。それは人造人間“フランケンシュタインの不死の心臓”である。日本軍はこの心臓をもとに、人間兵器を造ろうとしたのだ。だがそれは、広島の原爆によって研究途上で失われてしまう。そして十数年後、その心臓から再生した少年が登場したのだった……。

ひとつの細胞から生まれた兄弟怪獣、海の怪獣・ガイラと山の怪獣・サンダ。それぞれ善と悪の属性を持ち、性格の異なる2匹はやがて都市で死闘を演じることに。

無作為に選ばれた中学3年の1クラスを最後まで殺し合わせる新世紀教育改革法・通称“BR法”。その極限状況を生き延びた七原秋也は数年後、反BR法のテロ集団“ワイルド・セブン”を組織し首都を爆破、すべての大人たちに宣戦布告する。一方大人たちは通称“BRII”と呼ばれる新法を制定、孤島に立てこもる七原たちに、札付きの不良ばかりが集まる1クラスを送り込む。だが、その生徒たちには、1．七原を殺せば勝ち、2．制限時間は三日間、3．ペアを組み一方が殺されればもう一人も爆死する、というあまりにも非情なルールが課せられていた…