Tony Stark is een multimiljardair, industrialist en bovenal een geniale uitvinder. Hij wordt ontvoerd en gedwongen om een verschrikkelijk wapen te bouwen. In plaats daarvan construeert hij een ingenieus ijzeren pak waarmee hij weet te ontsnappen. Als hij terugkeert in de V.S. ontdekt hij een complot dat de stabiliteit van de wereld in gevaar brengt. Onder zijn alias Iron Man probeert hij het tij te keren.
Na door een genetisch gemanipuleerde spin gebeten te zijn, maakt het lichaam van de nerd Peter Parker radicale wijzigingen door. Hij kan tegen muren oplopen, web-vloeistof uit zijn polsen spuiten, en hij ontwikkelt een spinnen-zintuig. Hij neemt de naam "Spider-Man" aan, en besluit zijn nieuwe krachten te gebruiken om de slechte Green Goblin te bestrijden. Ondertussen probeert hij de aandacht te trekken van zijn mooie klasgenote Mary Jane Watson.
Nieuwe avonturen van Peter Parker, sympathieke student, part-time fotograaf en superheld. Nadat hij in de vorige film geslaagd is voor zijn high-school diploma besluit Peter colleges te volgen aan de New Yorkse Empire State Universiteit. Terwijl hij met diverse persoonlijke problemen zit wordt hij geconfronteerd met de briljante Dr. Otto Octavius, die door een wetenschappelijk ongeluk met enkele mechanische tentakels in de slechte Doctor Octopus is veranderd.
Agenten Kay en Jay zijn lid van een top-secret organisatie die in het leven is geroepen om de buitenaardse wezens op aarde in de gaten te houden. Als een buitenaardse terrorist dreigt enkele zonnestelsels te vernietigen, moeten ze in actie komen.
Omdat Jor-El de raad van Krypton niet kon overtuigen dat hun planeet zal verwoest worden, stuurt hij zijn zoon Kal-El naar de planeet aarde, zodat hij hun ras kan redden. Daar wordt Kal-El opgevoed door de familie Kent, ze noemen hem Clark Kent. Op aarde blijkt hij over superkrachten te beschikken, met die krachten wilt hij het slechte in de wereld bestrijden. Als hij volwassen is gaat hij in Metropolis bij de Daily Planet werken als reporter. Daar leert hij zijn eerste liefde kennen, Lois Lane.
John Constantine is naar de hel geweest en teruggekeerd. Hij is geboren met een gave die hij niet wil hebben: het vermogen om engelen en demonen te herkennen die in menselijke gedaante op aarde leven.
Een dappere, maar zachtaardige jonge soldaat genaamd Steve Rogers moet aan een aantal experimenten deelnemen voor het Amerikaanse leger, het zogenaamde Super Soldier programma. Maar wanneer het experiment wordt stopgezet besluiten ze Steve te gebruiken om het imago van het Amerikaanse leger te verbeteren.
Stanley Ipkiss is een bankmedewerker die constant wordt vernederd bij confrontaties, en niet voor zichzelf durft op te komen. Na één van de ergste dagen uit z'n leven vindt hij een masker. Wanneer hij het masker opzet komt zijn binnenste ik boven: een cartoon-achtige, romantische en wilde man. Een misdaadbaas gaat achter Ipkiss aan, nadat een vriend van hem dankzij hem de dood vindt.
Peter Parker is een jonge, middelbare school student, die sinds de plotselinge verdwijning van zijn ouders bij zijn oom Ben en tante May woont. Tijdens een zoektocht naar zijn ouders komt hij terecht in het laboratorium van wetenschapper Dr. Curt Conners, waar hij plotseling wordt gebeten door een radioactieve spin. Peter ontdekt vervolgens dat deze spin hem bijzondere gaven heeft gegeven en hij besluit om deze krachten te gebruiken om de misdaad tegen te gaan.
Barry Allen, een plichtsgetrouwe politieagent, verandert door een ongeluk in een laboratorium in The Flash, de snelste mens op aarde. Hij gebruikt zijn superkrachten om eigenhandig af te rekenen met The Dark Riders, een bende gemene slechteriken.
Een buitenaardse symbiote van een andere wereld geeft Peter Parker, alias Spider-Man, nieuwe krachten en een zwart pak die hij goed kan gebruiken om enkele nieuwe vijanden mee te bestrijden. Peters leven lijkt geweldig te zijn met zijn nieuwe pak, totdat hij en zijn geliefden merken dat er iets niet klopt in zijn gedrag...
Batman en Robin, het dynamische duo dat de straten van Gotham City veilig houdt, moeten de strijd aanbinden met maar liefst vier aartsrivalen; de Joker, de Penguin, Catwoman en de Riddler. Dit duivelse kwartet is van plan om de top van de VN te de-hydrateren met de gestolen uitvinding van de ietwat vreemde kapitein Schmidtlapp.
Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.
Logan en Victor zijn broers en tevens mutanten met bijzondere gaven. Nadat ze als soldaten worden gearresteerd, vraagt kolonel William Stryker het tweetal voor een bijzondere opdracht met een speciaal team van mutanten. Ze besluiten het te doen, maar op een gegeven moment stapt Logan op, om een vredig leven te starten. Als Logan een aantal jaren later echter wordt geconfronteerd met zijn gewelddadige broer Victor, besluit hij opnieuw met Stryker in zee te gaan. Stryker maakt van hem een uitzonderlijke mutant, sterk genoeg om Victor te verslaan. Wolverine is geboren.
Dr. Bruce Banner probeert te leven met zijn alter-ego The Hulk, een groen, groot en enorm sterk wezen dat verschijnt als hij kwaad begint te worden. Dit is absoluut niet eenvoudig aangezien er horden mensen achter hem aan zitten die misbruik willen maken van zijn bijzondere krachten. Maar dan ineens verschijnt The Abomination (Tim Roth), een kwaadaardig en wild beest. Banner ziet zichzelf genoodzaakt zijn krachten te gebruiken om de stad te redden van dit afschuwelijke monster.
De Silver Surfer komt de aarde bezoeken, wat betekent dat aarde een ramp tegemoet kan zien. Terwijl deze Silver Surfer over de wereld rondraast en overal waar hij komt chaos en vernietiging achterlaat, komt het Fantastic Four team in actie om hem tegen te houden en tevens de terugkeer van hun aartsvijand Dr. Doom tegen te gaan.
Bruce Banner is een onderzoeker in een laboratorium. Hij werkt mee aan een geheim project om een machine te bouwen waarmee levende cellen gemanipuleerd kunnen worden. Tijdens een experiment gaat er iets mis met Bruce. Hij lijkt nog dezelfde, maar als hij kwaad wordt verandert hij in een groot, groen, gespierd monster: de Hulk! De vraag is of hij zich kan redden van het gehele Amerikaanse leger dat hem nu achterna zit.
Batman krijgt te maken met twee nieuwe vijanden: Two-Face, die Batman als schuldige ziet van zijn misvormde gezicht, en The Riddler, een voormalig employee van Bruce Wayne. Ondertussen wordt Dr. Chase Meridan verliefd op Wayne/Batman.
Mr. Freeze is van plan om Gotham City in zijn ijzige greep te krijgen door de hele stad in een permanente winter te dompelen. Ondertussen lukt het de verleidelijke Poison Ivy om de band tussen Batman en Robin te verpesten, en is de butler Alfred stervende. Mr. Freeze is de enige die hem kan redden. Alfred's nichtje helpt als Batgirl om de stad te redden.