江戸末期、ペリー来航に震撼した日本の片隅で、新しい時代の到来を敏感に察知した若き二人の青年武士が全速力で駆け抜ける― 五代才助（後の友厚、三浦春馬）と坂本龍馬（三浦翔平）。二人はなぜか、大勢の侍に命を狙われている。日本の未来を遠くまで見据える二人の人生が、この瞬間、重なり始める。攘夷か、開国か―。五代は激しい内輪揉めには目もくれず、世界に目を向けていた。そんな折、遊女のはる（森川葵）と出会い「自由な夢を見たい」という想いに駆られ、誰もが夢見ることのできる国をつくるため坂本龍馬、岩崎弥太郎（西川貴教）、伊藤博文（森永悠希）らと志を共にするのであった―

小学生の美津子は実の父親・剛三に犯され続けていた。しかし、それが忌むべき近親相姦と自覚することはなく、ただ心だけが壊れていく。妻・小百合は、そんな夫と娘の関係に激しい嫉妬覚え、娘への虐待を繰り返す――。一方、倒錯したエロスの世界を描く車イスの人気女流作家・三ッ沢妙子。新たに担当となった編集者・田宮雄二はそんな妙子に気に入られるのだが…。

ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

徳川家康が天下を統一した後の1614年。忍者の二大勢力である伊賀と甲賀の両勢力は、初代服部半蔵のおきてにより長らく戦うことを禁じられていた。そんな中、伊賀当主の孫娘・朧と甲賀当主の後継ぎである弦之介は、互いの素性を知らぬまま出会い、恋に落ちる。一方、伊賀と甲賀の両勢力は、家康の命によりそれぞれの精鋭5人ずつを戦わせ、どちらが勝ち残るかで次期将軍を決めるという忍術合戦を強いられることになる。

新宿のプラットホーム。楽しげにおしゃべりをする女子高校生の集団。電車がホームに入ってきた瞬間、彼女たち54人の女子高校生たちは手をつないだまま飛び降りた。同じ頃、各地で集団自殺が次々と起こり始める。“事件”なのか“事故”なのか、迷う警察。そんな中、警視庁の刑事・黒田のもとに次回の集団自殺を予告する電話が入る。本格捜査に切り替え、集団自殺をくい止めようとする黒田たちの奮闘も虚しく再び都内のあちこちで壮絶な連鎖自殺が続発する。そして、落胆し帰宅した黒田を待っていたのは凄惨な家族全員の自殺現場だった…。

日本の西端にあるさびれた村が出生率日本一になった。その記念すべき出来事から14年前、新聞記者の一八はこの村に左遷される。風変わりな村民の中でも、世界平和のために縄文人の性欲を研究する元過激派の仁瓶は格別だった。そして一八が来た日から、彼ら村民に波乱が巻き起こる。

フランス人の推理小説家アレックスは、新作のプロモーションで来日し、京都のお茶屋でフランス語が堪能な芸妓・玉緒と出会う。ある日、彼女の元に脅迫文書が届くが、それはアレックスが敬愛する作家・大江からだった。