英国のとある養鶏場。強欲な女主人ミセス・トゥイーディーの支配下、ここのメンドリたちは囚人のような毎日を送っていた。仕事といえば卵を産むことだけで、産めなくなったら食用チキンにされる運命。そんな人生に疑問を感じたジンジャーは、真のニワトリ人生を求め、今日も脱走計画を練っていた。そんなある日、空からオンドリが降ってきて養鶏場に墜落。それを見たジンジャーは「空を飛ぶ練習をすればいいんだ！」と閃く。

収穫祭の賞品として農場主アーサーにもらわれた子ブタのベイブ。牧羊犬の母犬フライはベイブに農場のルールを教えた上、自分の子供たちと同じようにベイブを可愛がってくれる。

見事に牧羊犬ならぬ牧羊豚となった『ベイブ』の続編。ここではベイブの不注意から、ホゲットさんの体が不自由になってしまう。牧場の仲間たちに後押しされて農場のピンチを救うため、ベイブはエズメおばさんと共に都会へ旅立つことを決意した。