ロンドンに暮らすショーンは、いい歳して人生の目標や目的を持たぬまま、親友のエドとパブに入り浸るばかりの冴えない毎日を送っていた。そんな彼に長年の恋人リズもついに愛想を尽かしてしまう。このままではいけないと自覚したショーンは、リズとヨリを戻すため、これまでのだらしない生活を改めようと決意する。ところが、ショーンが恋人のことで頭がいっぱいになっている間に、街にはゾンビが溢れ、生きた人間を次々と襲っていたのだった。
世界各地で原因が判らぬまま死体が蘇り、生きている人間を襲って食べる現象が蔓延し次第に社会は大混乱していく。アメリカ地方テレビ局のスティーブンとフランはこの状況から都市部を脱出する事にした。友人のSWAT隊員ロジャーと同僚ピーターと共にヘリコプターで人の少ない田舎を目指すが、途中孤立したショッピングモールに立ち寄る。何でもそろっているショッピングモールは隔離して中のゾンビを駆除してしまえば安全と思われ、出入り口を閉鎖し快適な空間へ作り変えていく。そんな中、暴徒と化した暴走集団がショッピングモールに目をつけ襲撃してくる。暴動集団の無計画な襲撃をやり過ごす中、ゆっくりとだが群がるゾンビが彼ら人間を確実に取り囲んでいく。
アフリカ奥地で発見された未知の生物ラット・モンキーに噛まれたためにゾンビ化してしまった母親。息子のマザコン青年はなんとか事態の収拾を図るが、その間にも犠牲者の数は増えていく......。
休暇を過ごす為、アッシュは恋人シェリルと妹や友人と共に森深くたたずむ別荘にやって来る。 暖炉を囲みながら夜更けまで楽しく過ごす若者たち。退屈しのぎに別荘の地下室に入りそこで見つけた 古いテープレコーダーを再生すると、そこからはかつて別荘の住人だった学者の古文書解読の経緯を 伝える音声が流れてくる。古文書の呪文の一節を朗読するその音声は唱えてはならない古代の死霊を 呼び出す禁句であった。薄気味の悪いテープの内容にナーバスになるアッシュの妹だったが、次の瞬間 愛らしい妹は恐ろしい形相になり、宙に浮かびながら死霊を呼び覚ました全員を皆殺しにすると吐き捨て 襲いかかってくる。死霊にとりつかれた妹をいさめるにはもはや地下室に閉じ込めるしかなく、その間 アッシュはテープから流れていた死霊から逃れる方法を思い出していた。その方法とはとりつかれた者 の体をバラバラに裂くしかないというものであった・・。思い悩むアッシュ達をあざ笑うように死霊達 は仲間に次々と憑依してゆく。
動物愛護活動家が医療科学研究所を襲撃した。研究員はチンパンジーが危険な感染症にかかっていると警告するが活動家は耳を貸そうとしない。檻から出した途端、チンパンジーは研究員や活動家に襲いかかった。28日後。交通事故で昏睡状態に陥っていたバイク・メッセンジャーのジムは、ロンドン市内の病院の集中治療室で意識を取り戻す。ベッドから起き廊下をさまようジムだったが院内にはまったく人の気配がなかった。人の影を求めて街へ飛び出したジムは、そこで驚くべき光景を目にする。
看護師アナは夫と暮らすがある朝、怪物のように変貌した隣家の娘に襲われ、夫は命を奪われる。しかも夫は直後、怪物のようになって生き返る。同じころ町では原因不明だが、次々に死者たちがゾンビになってよみがえり、市民を襲っていた。家を後にしたアナは麻薬の売人アンドレなどの生存者たちと出会いながら、あるショッピングモールに到着。モールにはゾンビたちも侵入できず食料も十分だったが、そこもゾンビの群れに襲われる。
秘密諜報員イーサン・ハントの仲間は次々に傷つき、自らも負傷した。にもかかわらず、ハントは二重スパイの汚名を着せられる。追跡者から逃がれ、厳重な警備のCIAの金庫室に忍び込み、疾走する列車の屋根にしがみつき、ハントは独力で事件の謎を解明しようとする。やがて驚くべき真相が明らかに…。
対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、武器密売組織の拠点に突入し探索中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙するが逃してしまう。一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、大学で死者が甦り、凶暴化する事件の調査、研究する中、新型ウィルスの関与を突き止め、治療薬開発に成功するが直後、研究所が何者かに襲撃される。クリスは協力を求めて新型ウィルス事件に詳しい大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・S・ケネディのもとへ向かい、再会した二人は、アリアスのバイオテロ阻止のためニューヨークへと向かう。
不可能なミッションを遂行してきた天才的スパイのイーサン・ハントは、敵の罠に落ち、前例のない衝撃的な計画に翻ろうされてしまう。イーサンは己との戦いを克服し、成功率0%の任務を成し遂げるため、ヨーロッパやアジアへと飛ぶ。そして最高機密組織I.M.F.の新たなるメンバーとともに任務を遂行する。
休暇中のイーサンのもとに、緊急指令が下った。それはテロ集団に奪われた致死細菌“キメラ”の奪回。早速新チームが編成されるが、そこには見知らぬ女盗賊・ナイアの名があった。不審に思いながら、イーサンは彼女に接近を図る。