Setelah kejar-kejaran polisi dengan makhluk dunia lain, seorang polisi Kota New York direkrut sebagai agen dalam organisasi rahasia yang didirikan untuk memantau dan mengawasi aktivitas alien di Bumi: Men in Black. Agen K dan agen rekrutan baru Agen J menemukan diri mereka di tengah rencana mematikan teroris antargalaksi yang telah tiba di Bumi untuk membunuh dua duta besar dari galaksi berlawanan.

Hellboy, pacarnya yang pirokinetik, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka saat seorang pangeran peri dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi demi kerabatnya yang ajaib. Bosan hidup dalam bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan kuno mesin pembunuh, Golden Army yang sangat kuat, untuk membersihkan jalan bagi makhluk-makhluk fantasi agar bebas berkeliaran. Hanya Hellboy yang dapat menghentikan pangeran kegelapan dan mencegah pemusnahan umat manusia.