今は昔、竹取の翁が見つけた光り輝く竹の中からかわいらしい女の子が現れ、翁は媼と共に大切に育てることに。女の子は瞬く間に美しい娘に成長しかぐや姫と名付けられ、うわさを聞き付けた男たちが求婚してくるようになる。彼らに無理難題を突き付け次々と振ったかぐや姫は、やがて月を見ては物思いにふけるようになり……。

人と妖の間で忙しい毎日を送る夏目は、偶然昔の同級生・結城と再会したことで、妖にまつわる苦い記憶を思い出す。 そんな頃、夏目は、名前を返した妖の記憶に出てきた女性・津村容莉枝と知り合う。 レイコのことを知る彼女は、いまは一人息子の椋雄とともに穏やかに暮らしていた。 彼らとの交流に心が和む夏目。 だが、親子の住む町には謎の妖が潜んでいるらしかった。 そのことを調べに行った帰り、ニャンコ先生の体についてきた"妖の種"が、藤原家の庭先で、一夜のうちに木となって実をつける。 どことなく自分に似た形のその実を食べてしまったニャンコ先生が、なんと3つに分裂してしまう――!?

若き妖怪ハンター玄奘は、“わらべ唄 三百首”を武器に妖怪たちの善の心を呼び起こそうとするがいつもうまくいかない。ある日、彼が半魚半獣の妖怪に襲われた川辺の村で、村人たちと協力して陸に上げた魔物が人間の姿に変身する。玄奘が歌うわらべ唄は全然効果がなく、逆に攻撃された彼を女性妖怪ハンターの段が救う。

仏像盗難事件が多発する京都。主人公紅子は両親を何者かに惨殺される。身寄りのない紅子は両親の知り合いである円汁の寺に住み込みことに。円汁は仏像と人間の融合を研究しており、いろんな事件の黒幕的存在だった。すべてを知った紅子は両親のカタキを討つために自ら仏像と融合して円汁と戦うのだった。