チャイナタウンの骨董屋で発明家ペルツァーが手に入れた不思議な動物モグワイ。彼はそれを息子ビリーへクリスマス・プレゼントとして贈るが、モグワイには、水に濡らさないこと、太陽光線に当てないこと、真夜中すぎにエサを与えないことの三つの誓いが必要だった。だが、この誓いが破られた時、可愛いモグワイは恐るべき凶悪な怪物グレムリンへと増殖していく。かくして平和な田舎町キングストン・フォールズは悪夢のクリスマスを迎えることになるのだ。

すべての人間の手足や頭から糸が伸び、天へと伸びているマリオネットの世界があった。ヘバロン王国の国王が、ある日、自らの頭の糸を切って自害し、息子のハル王子に王位を譲ろうとする。だが、腹黒い王弟、ニゾが兄の遺書を握りつぶし、その死を敵対する一族の仕業に見せかけたため、王子は父の仇（かたき）を討つために旅に出ることになり……。

前作の主人公ビリーと恋人ケイトは二人そろってニューヨークで新生活を送っていた。大富豪クランプの所有するクランプ・センターがその働き口だったが、ビリーはそこで、チャイナタウン再開発のために発見されたモグワイと再会する。しかしまたしても偶然と失敗が折り重なってモグワイの体からグレムリンが発生、しかも今度はセンターの研究所で開発中のバイオ・テクノロジーと融合、新種のグレムリンが大量発生してしまうのだ。

マペットハウスに住むゴンゾは自分が誰にも似ていないことに気づく。そんな時、シリアルからのお告げで空を見上げているとゴンゾの家族は宇宙にいると教えられる。ところが、家族に会うことを心待ちにするゴンゾの前に突然、政府の秘密組織CONVETが現れ、彼を連れ去ってしまう。