És l'any 1997. A causa del creixement de la criminalitat, els Estats Units han convertit la seva gran ciutat de Nova York en una presó de màxima seguretat, on els presos estan tancats de per vida. Un nou presoner i anterior heroi de guerra, Serp Plissken (Kart Russell), és elegit a canvi li tornar-li la seva llibertat, per rescatar el President dels Estats Units (Donald Pleasance) de la presó que és l'illa de Manhattan, després que un terrorista fes caure l'avió del president allà.
En James Carter és un agent de l'FBI a qui els seus superiors han hagut de cridar l'atenció per la seva actitud agressiva. Com a última oportunitat li encomanen la protecció de l'agent xinès Li, que ha arribat als Estats Units per rescatar la filla d'un alt càrrec governamental que està segrestada. El que no sap Carter és que Li és un dels lluitadors més destacats en el món de les arts marcials. A tots dos els costarà entendre's i col·laborar.
Xina, segle X, durant la dinastia Tang. El palau imperial s'omple de flors daurades per celebrar el Festival Chong Yang. El retorn inesperat de l'emperador i del príncep per celebrar la festa en família resulta sospitós, ja que la relació amb l'emperadriu és molt freda a causa d'una relació il·lícita d'ella amb Wan, el seu fillastre.
Després d'haver estat contaminades amb una misteriosa substància química, anomenada Ooze, quatre tortugues que viuen a les clavegueres de Nova York es transformen i muten, de sobte, en grans tortugues. Ara poden parlar i caminar com un ésser humà. Entrenades per una vella però sàvia rata (el Mestre Estellicó) les quatre tortugues, Leonardo, Michaelangelo, Donatello i Rafael, aprendran tècniques ninja per enfrontar-se als criminals més perillosos. Els seus enemics són els membres d'una secta anomenada "El clan del peu", liderada per l'Esquarterador, que vol esdevenir l'amo del món.
Després de derrotar el seu gran enemic, Shredder, el mestre de les joves tortugues intenta mantenir-les juntes. Però comencen a succeir estranys esdeveniment a Nova York.
Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…