みんな野球で勝負!ぼくの魔球で”妖怪バット”と対決だ!!劇場版「ゲゲゲの鬼太郎」シリーズ第6弾。どんなボールでもホームランできる妖怪バットに魅入られた少年を助けるために、鬼太郎を始めとするご存じレギュラーメンバーが野球で勝負!目玉おやじやねずみ男、ぬりかべたちのどんな珍プレー・好プレーが登場するのやら!?

上杉家の双子の兄弟・達也と和也。二人は幼なじみの少女・浅倉南とともに明青学園高等部に進学した。恋する南のため、野球部で必死に奮闘する努力型の天才・和也。だが南の秘めた気持ちは、周囲には凡才と評される達也の方にこそ実はあった。そんな二人の心情を知ってか、微妙に南との距離を置く達也。一方、和也は懸命に甲子園目指して勝ち進み、ついに地区予選の決勝を迎えるが…。

あの夏から3年…。南は新体操の世界大会で入賞し、ますます注目を集めていた。新田は大学野球の強打のスラッガー、西村はプロ野球・マリナーズの若きエースとして、それぞれの道で活躍している。一方、達也は甲子園優勝以来、野球とはまったく無縁の生活を送っていた…　心にわだかまる和也の思い出。少しずつすれ違いはじめた南との距離。そして、達也に急接近してきた少女・香織の存在。新たな出会いと別れを繰り返し、青春の鼓動は再び動き出す…

達也が野球を続けようと決心したのは、須見工の新田の「和也にかわって俺と戦ってくれ」という言葉だった。達也は、和也の練習メニューをこなし、黙々とロードワークを続けた。ある日、南が新体操部に入部したというニュースが学校中に広がる。そして大会に出場、見事に個人優勝を飾った。その年の冬、正月の各紙は都大会代表になった南の写真を大きく取り上げていた。そんな中、映画館へ出掛けた南と達也は勢南高校のエース・西村と新田に出会う。