「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

1939年、ポーランド南部の都市クラクフにドイツ軍が侵攻した。ドイツ人実業家のオスカー・シンドラーは、一旗揚げようとこの街にやって来た。彼は金にものを言わせて巧みに軍の幹部たちに取り入り、ユダヤ人の所有していた工場を払い下げてもらう。ユダヤ人会計士のイツァーク・シュテルンをパートナーに選んだシンドラーは、軍用ホーロー容器の事業を始める。41年3月、ユダヤ人たちは壁に囲まれたゲットー（居住区）に住むことを義務づけられる。シュテルンの活躍で、ゲットーのユダヤ人たちが無償の労働力として、シンドラーの工場に続々と集められ事業はたちまち軌道に乗る。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

ナチスのワルシャワ侵攻を目の当たりにし、死の収容所送りを奇跡的に逃れたシュピルマンは、ゲットーの廃墟に身を隠すことで第二次世界大戦を生き延びる。

第２次大戦末期のイタリア。空襲で破壊された修道院でカナダ人看護師ハナは、ある患者の世話をしている。重い火傷で英語を話すが自分の名は思い出せない。英陸軍工作兵のキップ、カナダ軍諜報部隊のデヴィッド・カラヴァッジョと共に修道院で一緒になった４人。カラヴァッジョは患者に問いかけ、患者は徐々に記憶を取り戻す。

鎌倉のとあるドライブイン。そこは、ブラックサタンの奇械人ワニーダによって、ドライブインに入った人間はすべて、奴隷人間にされていた。そんな中、危うく奴隷人間にされそうになった男の子が助けを求めたことから、仮面ライダーストロンガーこと城茂と電波人間タックルこと岬ユリ子がその悪巧みを叩き潰すために、ワニーダと斗うのだったが、二人とも囚われの身となってしまう。新たに洗脳されたストロンガーがタックルを襲うように命じられ…。

新世界にエボルトの兄であるキルバスが襲来し、かつてエボルトに奪われたパンドラボックスを取り戻そうとする。その最中で、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスたちはかつての記憶を取り戻すが、万丈龍我 / 仮面ライダークローズの前にクローズの記憶を持つ馬渕由衣が現れる

日本への石油輸出協定を結ぶために日本へやって来たアラブ王国のキバラ大使の暗殺を狙う改造人間ヘラクレス。その行く手を阻まんとする仮面ライダーＸこと神敬介。この暗殺計画を知った少女さよことその母親をも巻き込んで、秘密組織ＧＯＤの悪の企みが進行する。果たして、仮面ライダーＸは、この危機を救うことができるのだろうか？

“A FREEZE IS COMING!” すべてを氷づけにしようとする怪人Mr.フリーズがゴッサム・シティーに出現。事もあろうに、誘惑フェロモンと猛毒キスを武器にするポイズン・アイビーと手を組んだ！　対するバットマンも、ロビンとバットガールという味方を得て迎え撃つが！3代目バットマンに選ばれたジョージ・クルーニー、初登場のバットガールにアリシア・シルヴァーストーン、注目の悪役にはアーノルド・シュワルツェネッガーら、豪華スターが共演。機能性がアップしたバットモービルや、より奇抜さを増したゴッサム・シティーなど、本シリーズならではの斬新なデザインも充実。