心の中に問題を抱えるエグゼクティブ青年ジャックはタイラーと名乗る男と知り合う。ふとしたことからタイラーとジャックが殴り合いを始めると、そこには多くの見物人が。その後、タイラーは酒場の地下でファイト・クラブなる拳闘の秘密集会を仕切ることに。たくさんの男たちがスリルを求めて集まるようになるが、やがてそのクラブは恐るべきテロ集団へと変貌していく……。「セブン」のコンビ、ブラピとフィンチャー監督が再び組んだ衝撃作。

トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社に勤めるプログラマである。しかし彼には天才ハッカー、ネオというもう一つの顔があった。ある日、彼はとある人物から連絡を受け、警察に追われる。そして彼から衝撃的な世界の真実を告げられた。

フィラデルフィアの下町。無名ボクサーのロッキーは本業だけでは食えず、借金の取りたてを請け負って日銭を稼いでいた。そんなある日、世界チャンピオンのアポロが気まぐれで無名選手にチャンスを与えようと言い出し、無作為に選んだロッキーを挑戦者に指名する。降って湧いたチャンスを得て、ロッキーは想いを寄せる女性エイドリアンに、15ラウンド最後まで戦いぬくことで自分の愛を証明すると約束する。

1997年のアメリカ。世の中は文明に犯され、町には暴力が氾濫し、かつては世界の若者の憧れの地であったニューヨークは、今や巨大な監獄と化していた。そこには全米の囚人300万人が放たれ、夢も希望もない生活を送っていた。マンハッタン島の周囲は高い壁が巡らされ、全ての川には電流が流れ、常に上空をヘリコプターが旋回し、自由の女神像はリバティーアイランド・セキュリティー・コントロールと呼ばれる監視塔となっていた。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

かつてのチャンピオン・ボクサー、ロッキー。今は引退し、地元フィラデルフィアでレストランを営む。妻エイドリアンは世を去り、息子のロバートは父に反発してビジネスマンの道に。満ち足りているがむなしい毎日の中、ロッキーは以前のようにリングに立ちたいと望みだす。同じころ、現役ヘビー級チャンピオンのディクソンは対戦相手に恵まれず、伝説的なロッキーとのエキシビションマッチを企画。ロッキーはこの挑戦を受けて立つ。

のんきにバケーションを楽しもうと香港に乗り込んだリーとカーター。そんな矢先、アメリカ大使館で爆破事件が起きる。香港マフィアの仕業と睨んだ香港警察はリー警部に極秘捜査を命じる。結果、一緒にいたカーターも事件に首をつっこむハメになり、楽しみにしていたバカンスは泡と消えてしまう。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

在米香港領事館の大使が、中国マフィア“シャイシェン”の存在を突き止めたために狙撃される。一命をとりとめた大使と娘を守るかたわら、シャイシェンを追跡することになったリー捜査官とカーター刑事。事件を解く鍵がフランスにあることを突き止めた2人は、パリへ飛ぶ。

世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか！？