Bruce Wayne, alias Batman, en Lt. James Gordon bundelen hun krachten met de nieuw aangewezen Officier van Justitie Harvey Dent. Samen proberen zij de chaos tegen te gaan die Gotham momenteel teistert, veroorzaakt door niemand minder dan Batmans ergste vijand, The Joker.
Tony Stark is een multimiljardair, industrialist en bovenal een geniale uitvinder. Hij wordt ontvoerd en gedwongen om een verschrikkelijk wapen te bouwen. In plaats daarvan construeert hij een ingenieus ijzeren pak waarmee hij weet te ontsnappen. Als hij terugkeert in de V.S. ontdekt hij een complot dat de stabiliteit van de wereld in gevaar brengt. Onder zijn alias Iron Man probeert hij het tij te keren.
Na door een genetisch gemanipuleerde spin gebeten te zijn, maakt het lichaam van de nerd Peter Parker radicale wijzigingen door. Hij kan tegen muren oplopen, web-vloeistof uit zijn polsen spuiten, en hij ontwikkelt een spinnen-zintuig. Hij neemt de naam "Spider-Man" aan, en besluit zijn nieuwe krachten te gebruiken om de slechte Green Goblin te bestrijden. Ondertussen probeert hij de aandacht te trekken van zijn mooie klasgenote Mary Jane Watson.
Nieuwe avonturen van Peter Parker, sympathieke student, part-time fotograaf en superheld. Nadat hij in de vorige film geslaagd is voor zijn high-school diploma besluit Peter colleges te volgen aan de New Yorkse Empire State Universiteit. Terwijl hij met diverse persoonlijke problemen zit wordt hij geconfronteerd met de briljante Dr. Otto Octavius, die door een wetenschappelijk ongeluk met enkele mechanische tentakels in de slechte Doctor Octopus is veranderd.
Agenten Kay en Jay zijn lid van een top-secret organisatie die in het leven is geroepen om de buitenaardse wezens op aarde in de gaten te houden. Als een buitenaardse terrorist dreigt enkele zonnestelsels te vernietigen, moeten ze in actie komen.
Wade Wilson werkt al twee jaar als de gemaskerde held Deadpool. Op een dag verliest hij echter alles waar hij van houdt. Hij geeft zichzelf hiervan de schuld. Alles wat hij overhoudt aan de tijd met zijn geliefde Vanessa, is een Skee-Ball-munt.
John Constantine is naar de hel geweest en teruggekeerd. Hij is geboren met een gave die hij niet wil hebben: het vermogen om engelen en demonen te herkennen die in menselijke gedaante op aarde leven.
Een dappere, maar zachtaardige jonge soldaat genaamd Steve Rogers moet aan een aantal experimenten deelnemen voor het Amerikaanse leger, het zogenaamde Super Soldier programma. Maar wanneer het experiment wordt stopgezet besluiten ze Steve te gebruiken om het imago van het Amerikaanse leger te verbeteren.
De pas afgestudeerde Jaime Reyes keert vol grootse plannen voor de toekomst terug naar huis, maar komt er al snel achter dat daar veel is veranderd. Terwijl hij zoekende is naar zijn plek op deze wereld, brengt het lot onverwachts een oud relikwie van buitenaardse technologie op zijn pad: de Scarabee. Als de Scarabee hem verkiest als symbiotische gastheer, komt hij in het bezit van een waanzinnige uitrusting met onvoorstelbare, maar ook onvoorspelbare krachten. Daarmee verandert zijn leven voorgoed en wordt hij de superheld Blue Beetle.
Bruce Wayne wordt geconfronteerd met een dodelijke dreiging uit zijn verleden, met de hulp van drie voormalige klasgenoten: de wereldberoemde krijgskunstenaars Richard Dragon, Ben Turner en Lady Shiva.
Een buitenaardse symbiote van een andere wereld geeft Peter Parker, alias Spider-Man, nieuwe krachten en een zwart pak die hij goed kan gebruiken om enkele nieuwe vijanden mee te bestrijden. Peters leven lijkt geweldig te zijn met zijn nieuwe pak, totdat hij en zijn geliefden merken dat er iets niet klopt in zijn gedrag...
Batman en Robin, het dynamische duo dat de straten van Gotham City veilig houdt, moeten de strijd aanbinden met maar liefst vier aartsrivalen; de Joker, de Penguin, Catwoman en de Riddler. Dit duivelse kwartet is van plan om de top van de VN te de-hydrateren met de gestolen uitvinding van de ietwat vreemde kapitein Schmidtlapp.
Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.
Logan en Victor zijn broers en tevens mutanten met bijzondere gaven. Nadat ze als soldaten worden gearresteerd, vraagt kolonel William Stryker het tweetal voor een bijzondere opdracht met een speciaal team van mutanten. Ze besluiten het te doen, maar op een gegeven moment stapt Logan op, om een vredig leven te starten. Als Logan een aantal jaren later echter wordt geconfronteerd met zijn gewelddadige broer Victor, besluit hij opnieuw met Stryker in zee te gaan. Stryker maakt van hem een uitzonderlijke mutant, sterk genoeg om Victor te verslaan. Wolverine is geboren.
Dr. Bruce Banner probeert te leven met zijn alter-ego The Hulk, een groen, groot en enorm sterk wezen dat verschijnt als hij kwaad begint te worden. Dit is absoluut niet eenvoudig aangezien er horden mensen achter hem aan zitten die misbruik willen maken van zijn bijzondere krachten. Maar dan ineens verschijnt The Abomination, een kwaadaardig en wild beest. Banner ziet zichzelf genoodzaakt zijn krachten te gebruiken om de stad te redden van dit afschuwelijke monster.
Een nieuwe kwaadaardige organisatie die bekend staat als Space Shocker en wordt geleid door de magie gebruikende Space Ikadevil en Space Spider Man, bedreigt de aarde door een onbekend fenomeen te veroorzaken. De Space Sheriffs Gavan type-G en Sharivan worden gestuurd om alle magie-gebruikers op aarde te executeren als reactie op de dreiging en beginnen Kamen Riders Wizard and Beast aan te vallen. Het Space Crime Syndicate Madou, dat ooit werd verslagen door de oorspronkelijke Sharivan, keert terug om nog meer chaos in de wereld te veroorzaken. Gedurende deze tijd vindt Yoko een mysterieuze kleine robot genaamd Psycholon, waar Space Shocker en de Madou om onbekende redenen naar op zoek zijn.