面接のためデトロイトに来た若い女性が深夜に予約した宿泊先に到着すると、手違いなのか既に見知らぬ男が泊まっていた。不本意ながらもそこで夜を過ごすことにするが、予期せぬ客よりも恐ろしいものが待ち受けていた。

ゴジラシリーズ第2作。岩戸島に遭難した飛行士によって、ゴジラとアンキロサウルス、通称アンギラスの闘いが目撃された。対策本部はゴジラを監視下に置き、本土上陸を阻止しようとする。しかし、脱走した囚人が起こしたコンビナートの火災が、ゴジラを大阪に誘導してしまう。そしてゴジラを追って、アンギラスも姿を現わした。世紀の闘争の末、アンギラスは倒れゴジラは海へ去ったが、大阪の街は廃虚と化す……。

億万長者の実業家ウェイランド（ランス・ヘンリクセン）は、考古学者、科学者、セキュリティのエキスパートからなる国際チームを招集し、環境問題専門家で女性冒険家のレックス（サナ・レイサン）にガイドを頼み、南極の地下深くから放出されている謎の“熱源”の調査を敢行する。そして、600mの地底で目撃したものに、彼らは興奮し、次に恐れを抱く。彼らが発見したのは、アステカ、エジプト、カンボジアの各文明が交じりあった巨大なピラミッドだった。ピラミッドの内部に様々な部屋を見つけ、その進んだ技術が数千年前から地球外文明の影響を受けてきたことが明らかになる。 そのとき突如、部屋の壁が動いて閉じこめられただけでなく、その動く壁の迷路によってチームのメンバーは分断されてしまう。部屋から部屋へと移動しているうち、象形文字からついに恐ろしい真実が明かされる。プレデター種族は、100年周期で生きたまま凍らせたクイーン・エイリアンに卵を産ませ、若いプレデターの戦士は、生まれたエイリアンと対決する試練を受ける。この信じがたい成長の儀式――エイリアン対プレデターの戦いの真っ直中に、レックスたちは足を踏みこんでしまったのだ、生け贄として……。

メキシコで休暇を楽しむ姉妹のリサとケイトは、「シャーク・ケージ・ダイビング」という方法で、海の中にあるおりの中から野生のサメを見ることにする。サメの迫力に興奮する中、突如ワイヤーが切れおりは水深47メートルの海底まで落下してしまう。無線は届かず、ボンベの酸素もそう長くはもたない極限状態で、姉妹はおりを囲む人食いザメにおびえながらも生還を目指す。

南極に存在したピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生するという衝撃のラストシーンで前作は終わった……。しかし、それはこれから地球で起こる惨劇の序章でしかなかった！ プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求めて飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして遂に始まった、人類の眼前で次々と繰り広げられる壮絶かつ凄惨な戦い……。史上最も恐ろしい２大モンスターの激突の行方は？　そして人類を巻き込んだ戦いの果てに待ちうける、驚愕の結末とは？　人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。果たして地球に明日はあるのか？

観光で生計を立てる海辺の小さな町に、突然サメの襲撃騒ぎが起こった。退治に乗り出した町民たちが目にしたのは、世にもおぞましい人口生命体・シャーケンシュタイン。第2次世界大戦中のナチスが開発した生物兵器が、現代まで生き続けていたことが判明する。