Consisteix en dues seccions: Death, que és una recapitulació de la sèrie de manera desordenada que gira entorn d'un concert de cordes amb en Shinji, l'Asuka, en Kaworu i la Rei on es van mostrant escenes de la sèrie relatives a cada personatge, i Rebirth, una animació totalment nova que substitueix els capítols 25 i 26 i que conforma la primera part del nou final de la sèrie.
La pel·lícula se centra en el passat d'Ai Haibara, una dona amb diferents identitats. Aquesta pel·lícula derivada conté material de diferents episodis de la sèrie anime, com «El tren del misteri», i algunes escenes noves.