倒した敵の暴露により、世間から悪評を受けるスパイダーマン。自分の正体が知られていない世界に戻りたいと思うようになった彼は、友人のドクター・ストレンジに助けを求める。やがて魔法の力で、彼は違う世界線で2つの人生を同時に歩み始める

普通の高校生として暮らしていた明光院景都ことゲイツは、柔道でメダルを取るために練習に励んでいたが、大会の試合中に再起不能の怪我を負い、選手生命を絶たれてしまう。 そこへウォズと名乗る青年が現れ、ゲイツに「君を魔王を倒す救世主に導くためにやってきた。そうでないと、常磐ソウゴが最低最悪の魔王として、その名を轟かせる」と告げ、ライドウォッチとジクウドライバーを差し出す。

故郷の抑圧的な束縛と賞金稼ぎの危険な生活にうんざりしたバイラヴァは、コンプレックスでのより快適な生活に憧れている。新しい生活を求めるバイラヴァは、人類を悪意ある勢力の支配から解放することに専心する反乱軍の集団と、うっかり絡み合うことになる。

物語はスカイウォールという巨大な壁で三つに分断された仮面ライダービルドの世界に、仮面ライダーエグゼイドの敵であるバグスターが出現する謎から始まる。存在しないはずの敵がなぜ居るのか。正体不明の敵に為す術なくその場に崩れる戦兎の眼前には、体の半分がメカに覆われた奇怪な人物が佇んでいた。科学者を名乗るその男が巨大なマシンを起動させると上空に突如として逆さになった世界が出現した。一方、エグゼイドの世界でも同じ現象が勃発。スカイウォールのある世界が、地上へ刻一刻と迫りくる。二つの世界が激突するまでに残された時間は、わずか24時間。消滅へのカウントダウンが始まった。

留置所の檻の中と思しき場所で目を覚ました男は、自分が何者なのかも思い出せない記憶喪失になっていることに気付く。隣の独房には女がおり、「我々は侵略された」と言う。ひょんなことから、自分がアメリカ軍の兵士だったらしいことがわかり、医師だという女とともに檻の外に出ることができた男だったが、そこには見たこともないロボットが人々を襲う光景が広がっていた。