Ryota heeft al zijn bezittingen verdiend met hard werken en hij gelooft dat niets hem kan stoppen met het nastreven van zijn volmaakte leven. Dan op een dag krijgen hij en zijn vrouw Midori een onverwacht telefoontje van het ziekenhuis.
De 12-jarige Pelle wordt per ongeluk gebeten door een mier waardoor hij onvoorspelbare superkrachten krijgt. Met de hulp van zijn vriend, de stripboekennerd Wilhelm, creëert Pelle een geheime identiteit als lokale misdaadbestrijder. Wanneer 'The Flea' ten tonele verschijnt moet Antboy de uitdaging aangaan om de superschurk te bestrijden.