Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.
Roderick en Pamela (broer en zus) kopen een oud verlaten huis aan de kust. Hun aanvankelijke enthousiasme neemt af als ze verhalen over de vorige bewoners horen en hun dochter, die nu hun buurvrouw is, ontmoeten.