24e eeuw. Het universum zoals wij dat kennen is geleidelijk onder het juk van machtige maffia-organisaties gevallen. De meest angstaanjagende van allemaal, de Space Pirates Guild, is gretig op zoek naar de enige man die tegen hen in opstand is gekomen, een eenzame piraat wiens naam resoneert als een legende: Cobra! Planeet Venus.
De eerste vertoning van The Muppet Movie, een film over hoe de muppets bij elkaar gekomen zouden kunnen zijn. Het begint met Kermit de kikker die in het moeras zit, vliegen te vangen. Als een literair agent uit Hollywood hem zegt dat hij talent heeft en miljoenen mensen blij kan maken gaat hij op weg naar Hollywood. Onderweg ontmoet hij Fozzie, een beer die grappen verteld, maar ook Doc Hopper, een hebzuchtige man die een keten kikkerbilletjes-restaurants heeft. Doc Hopper wil dat Kermit voor hem werkt en reclamespots maakt, maar daar ziet Kermit niets in.
Omdat haar ouders weg zijn, moet de jonge prinses Alise tijd spenderen met haar grootmoeder, koningin Uberta. Zij wil Alise opleiden tot een echte adellijke dame, maar Alise wil niets liever dan piraat zijn. Samen met Lord Rogers, Jean-Bob en Speed gaat ze op een zeereis.