“妖精を目撃した”として一大論争を巻き起こした実話を基に描く、ファンタジックな感動作。自然豊かな美しいイギリスの田舎町を舞台に、妖精たちと心を通わせる少女たちの無垢な姿を詩的な映像で綴る。第一次大戦下のイギリス。父が戦地で行方不明となった8歳の少女フランシスは、12歳の従姉妹エルシーのいるヨークシャーへと向かった。叔父夫婦に温かく迎えられ、逆境に負けず毎日を明るく過ごすフランシス。そんなある日、彼女とエルシーは小川で美しく光る妖精に遭遇する。

10歳の女の子ソフィーは、ロンドンの児童養護施設で生活していた。寝付きの悪いソフィーが窓から夜の街を見ていると、身長約7メートルの巨人が出現し、彼女を巨人の国へ連れていく。巨人の名はBFG：ビッグ・フレンドリー・ジャイアント。優しいBFGに、ソフィーは心を許すようになる。そして、子供たちに夢を吹き込む仕事をしているBFGと一緒に、ソフィーは夢の国へと向かう。

第2次世界大戦下のロンドン。児童養護施設に暮らす少年ピーターは、しばしば子どもたちが姿を消すことを不審に思っていた。ある日、彼は空飛ぶ海賊船が子どもをさらっていた事実を知るが、自身も連れ去られてしまう。たどり着いたのは不思議な世界ネバーランド。そして海賊の長、黒ひげはその世界を支配しようとたくらむ悪党だった。やがて、謎の青年フックとともに脱走したピーターは、先住民の集落へと逃れる。