Gintoki reist vijf jaar naar de toekomst en vindt een woestenij waarin zijn beschermelingen, Kagura en Shinpachi, uiteen zijn gedreven, en zijn veranderd in geharde vigilantes, terwijl hij zelf al jaren vermist is. Hij herenigt ze om de waarheid te vinden achter de epidemie die Edo teistert, en te ontdekken hoe ze de situatie kunnen herstellen. De sleutel hiertoe blijkt in zijn donkere verleden te liggen, en samen met zijn vrienden confronteert hij zijn verleden en vecht hij voor de toekomst.
Tijdens een testrit met de Mini Merry vertelt Usopp Brook het verhaal van de Going Merry, een schip dat de bemanning goed van pas kwam. Voor de Straw Hats was de Going Merry echter niet zomaar een schip: het was een onschatbare, onvervangbare vriend. *Scènes zijn opnieuw gemaakt met gloednieuwe animatie.
Op een dag komt Kurapika zijn oude vriend Pyro tegen. Het is geen onschuldig weerzien, want Pyro steelt de ogen van Kurapika met een magische kracht. Gon, Killua en Leorio proberen Kurapika’s ogen terug te krijgen, maar tegelijkertijd heeft Killua ook zijn eigen problemen. Killua is zijn hele leven lang geïndoctrineerd door zijn broer, die op hem heeft ingepraat dat vriendschap binnen hun professie niet mogelijk is. Hierdoor begint Killua te twijfelen over de echtheid van zijn vriendschap met Gon.
Conan Edogawa wil Lupos de Derde arresteren, de verdachte van het stelen van een juweel genaamd Cherry Sapphire. (Een vervolg op de tv-special Lupin the Third vs. Detective Conan, 2009.)
De jonge uitvinder Ray Steam ontvangt een mysterieuze metalen bol. Het kan genoeg energie opslaan om een hele natie van energie te voorzien. Hij moet het echter gebruiken om Londen van de ondergang te redden.
Na een chaotische overval worden Lupin en Jigen verzorgers van een jongetje, terwijl een jonge luchtpiraat genaamd Yutika uit is op hun buit. Yutika is een inwoner van de stadstaat Shahalta, die onlangs in handen is gevallen van een louche minister. Al snel bundelen de bende van Lupin en Yutika hun krachten om een van Shahalta's grootste schatten te ontdekken, waarbij ze het opnemen tegen zowel de autoriteiten van Shahalta als Zenigata.
Het is het jaar 40.000. Barbarella wordt opgeroepen door de president van de aarde om de jonge wetenschapper Durand-Durand te stoppen met zijn plan om de wereldvrede te verstoren.
Nadat in het jaar 2145 een gruwelijk ongeluk, als gevolg van een experiment, in de basis Phobos heeft plaatsgevonden, moet een groep mariniers strijden tegen de monsters die als gevolg daarvan de basis zijn binnengedrongen.