巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。
“ゾーン”と呼ばれる謎の立入禁止区域。その奥にある部屋ではどんな望みも叶えられるという。“ストーカー”と呼ばれるゾーンの水先案内人は作家と物理学者を連れて、その禁断の地へ足を踏み入れる。
冷凍睡眠のまま宇宙を漂流していたリプリーは奇跡的に宇宙船に救出される。地球に戻った彼女は貨物船で起こったエイリアンによる恐ろしい出来事を語る。リプリーが漂流していた間にエイリアンを発見した小惑星は地球の殖民惑星となっていた事を知りエイリアン殲滅を訴える。しかしエイリアンを兵器として利用したい企業に拒まれてしまう。その時小惑星より連絡が途絶えたことからアメリカ海兵隊が住民救出に向かうが同乗したリプリーの話をまともに聞かなかった兵士達だが、凶悪生命体エイリアンを目の当たりにし一気に追い詰められてゆく。
南米某国で行方を絶った重要人物奪還のためにジャングルに潜入する特殊コマンド部隊。だがゲリラを掃討した彼らを待ち受けていたのは宇宙から飛来した肉食異星人プレデターだった。体を透明化させて周囲の風景に溶け込み、どこからともなく牙を向くプレデターに隊員たちは次々に倒されていく。仲間を全て失った隊長シェイファーは、姿なき敵が熱に反応して攻撃してくる事を突き止め、ついに一対一の闘いを挑む。
ある日、ラコーム率いる調査団がメキシコの砂漠で第二次大戦時の戦闘機を発見する。それは、消失当時と変わらぬ姿で残っていた。一方アメリカのインディアナ州では、町一帯の停電を調べていた電気技師ロイがUFOのような光を発見。以来、彼はこの不思議な光にすっかり魅了され、その正体を探っていく。やがて、光が行き着く先はワイオミング州のデビルズ・タワーという山だと判明するのだが…。
ニューヨークの駅構内。不審な行動を見咎められ警察に連行される謎の男プロート。彼は自らを遥か1,000光年彼方のK－PAX星からやって来た異星人だと名乗り精神病院に送られる。プロートの治療に当たるのは精神科のパウエル医師。初めのうちは単なる妄想か虚言と高を括っていたパウエルだったが、その落ち着き払った言動や理路整然とした説明にかすかな疑問を抱き始める。さらに、プロートの存在は他の患者たちにも強い影響を与え、パウエルが治せずにいる患者たちがみるみる回復していく。
地球温暖化が進んで一部の海に近い土地が沈み、妊娠・出産に厳しい許可制度がしかれ、人間の代わりに多くの資源を必要としないロボットが活躍する未来。その時代に人間と同じ愛情を持つ少年型ロボットとして開発されたデイビッドは、彼を製作したロボット製造会社の社員、ヘンリーとその妻モニカの元へ試験的に送られる。夫妻には不治の病を持つ息子のマーティンが居たが、現在は冷凍保存で眠っていて目覚める保証はなく、実質的に子供がいないのと同じだった。
貨物港でクレーンのオペレーターを勤めるレイ・フェリエは離婚して一人暮らししていた。離婚した妻がボストンの実家を訪ねる間、妻が引き取った子供、ロビーとレイチェルを預かったが彼らと打ち解けられずにいた。ある日の朝、稲妻が数十回も町の同じ場所に落ちると町中が停電し不気味な雲に覆われる中、レイは野次馬たちとともに落雷場所を見にいくと地中から巨大な機械が出現しレーザー光線で次々に人々を殺害し町を破壊してゆく。
謎の円盤型飛行物体が地球に飛来し、事件を巻き起こす。テレビジャックにより人類にコンタクトを取ってきた「ミドリ人」と名乗る宇宙人は、巨大な脳に大きな目、骸骨のような口元の奇怪な緑色の生物だった。 見栄えばかりを気にするアメリカ大統領デイルは、政権内が穏健派と過激派にわかれる中、異星人を大々的なセレモニーで歓迎することにする。大統領の周囲は、ヒステリーな妻マーシャ、シニカルな大統領の娘タフィにお調子者の広報官ジェリー、楽観的なケスラー教授、ベトナム以来の鬼将軍デッカーという面々だった。
前作のジャングルから一転、舞台を近未来1997年の犯罪都市ロサンゼルスに移したシリーズ第2作。麻薬組織の抗争の只中で始まった肉食エイリアンの人間狩りにタフな黒人刑事が立ち向かう。
1957年、大学で学生たちに考古学を教えているジョーンズ博士(ハリソン・フォード)は、超常現象的なパワーが宿っているという秘宝“クリスタル・スカル”を求め、相棒の若者マット・ウィリアムズ(シャイア・ラブーフ)とともに再び冒険の旅へと出る。しかし、インディたちの前に、秘宝を付け狙うロシア軍が立ちはだかり…。
億万長者の実業家ウェイランド（ランス・ヘンリクセン）は、考古学者、科学者、セキュリティのエキスパートからなる国際チームを招集し、環境問題専門家で女性冒険家のレックス（サナ・レイサン）にガイドを頼み、南極の地下深くから放出されている謎の“熱源”の調査を敢行する。そして、600mの地底で目撃したものに、彼らは興奮し、次に恐れを抱く。彼らが発見したのは、アステカ、エジプト、カンボジアの各文明が交じりあった巨大なピラミッドだった。ピラミッドの内部に様々な部屋を見つけ、その進んだ技術が数千年前から地球外文明の影響を受けてきたことが明らかになる。 そのとき突如、部屋の壁が動いて閉じこめられただけでなく、その動く壁の迷路によってチームのメンバーは分断されてしまう。部屋から部屋へと移動しているうち、象形文字からついに恐ろしい真実が明かされる。プレデター種族は、100年周期で生きたまま凍らせたクイーン・エイリアンに卵を産ませ、若いプレデターの戦士は、生まれたエイリアンと対決する試練を受ける。この信じがたい成長の儀式――エイリアン対プレデターの戦いの真っ直中に、レックスたちは足を踏みこんでしまったのだ、生け贄として……。
親友同士のタック、マンチ、アレックスは、数日後には散り散りになる運命だった。高速道路建設のために町ぐるみで立ち退きを迫られる中、いきなり彼らが暮らす町の全域で携帯電話に奇妙な画像が映し出される。彼らは同級生のエマとも協力し、事の真相を究明しようとする。
南極に存在したピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生するという衝撃のラストシーンで前作は終わった……。しかし、それはこれから地球で起こる惨劇の序章でしかなかった！ プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求めて飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして遂に始まった、人類の眼前で次々と繰り広げられる壮絶かつ凄惨な戦い……。史上最も恐ろしい２大モンスターの激突の行方は？ そして人類を巻き込んだ戦いの果てに待ちうける、驚愕の結末とは？ 人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。果たして地球に明日はあるのか？