舞台は南北戦争の時代。北軍の大佐ショーは初めての黒人部隊の指揮官となった。兵士の大多数は南部からの脱走奴隷だったが、ショーは彼らに誇りと熱気を感じていた……。男たちの栄光を描く感動巨編。

自分を暗殺者に仕立てあげたCIAの極秘プロジェクト、“トレッドストーン計画”などに関する取材を進めていた新聞記者ロスとロンドンで接触しようとしたボーン。しかし、CIAの現地要員に監視されていたロスは、若い暗殺者に狙撃されてしまう。

前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。

ニューヨークの5番街。朝の買い物客で賑わうデパートが突然爆破された。サイモンと名乗る爆弾テロリストが爆破場所を地下鉄、小学校と次々に指定し、ニューヨーク市民を巻き込んだ爆破計画を敢行する。その予告爆破を阻止すべく、またまた“あの男”が立ちあがった！

ジョン・マックレーン刑事は、ロスに住む妻ホリーと一緒にクリスマス休暇を過ごすため、吹雪の中ワシントンのダレス国際空港に迎えに来ていた。テレビではラテン・アメリカの麻薬王エスペランザ将軍の到着を報じており、反共主義者の元陸軍大佐スチュワートの姿を空港内で見かけていたマックレーンは大佐の部下らしき軍人たちがうろついているのに不審を覚え、後をつける。

独立記念日前夜、ニューヨーク市警察刑事のジョン・マクレーンは、ニュージャージー州に住む娘のルーシーを訪ねる。偶然ルーシーが男に言い寄られる光景を目の当たりにして助けたつもりが、親からの干渉は当然の如く嫌われマクレーンはヘコんでしまう。さらに、上司からはハッカーのファレルをワシントンD.C.まで連行するFBIからの頼まれ仕事を押し付けられ、渋々とマクレーンはファレルの元へと向かう。 しかし、ファレルのアパートメントを訪問したマクレーンは、そこでファレルを狙った正体不明の敵からの銃撃をうける。 最新のハイテク技術を駆使するトーマス・ガブリエル率いるサイバーテロ組織を相手に、完全なアナログ親父であるマクレーンがいつもの如く理不尽な運命を愚痴りながらも、反撃を開始する。

幼い息子を死なせて以来、自殺ばかりを考えている解剖医・安藤。ある日、彼は謎の死を遂げた高山竜司の解剖を担当することになった。安藤と竜司は学生時代の同級生だった、竜司の体を解剖した安藤は彼の胃の中から暗号の書かれた紙片を見つける。それは安藤たちが学生時代に流行った遊びで、彼は「DNA　PRESENT」という言葉を読み取るのだった。そんな折、玲子が車の事故で息子の陽一と共に死んだという情報が安藤に入っ...

ＳＷＡＴ隊員のアレックスと共に、カリブ海１週間の豪華クルージングにやって来たアニー。その船ではちょうど、全米から宝石商が集まって、ジュエリー・コンベンションが行われることになっていた。その持ち寄られたダイヤの総額は、なんと３億ドル以上。それを狙って元客船コンピューター・プログラマーのガイガーが、この船に爆弾をしかけたとシージャックを宣言した。