突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

海賊船メガファウナに乗り、ジット団を追うベルリ・ゼナムたち。その間に、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット艦隊がカシーバ・ミコシの付近で激しい戦闘を繰り返したことで、地球圏の戦況は一変してしまっていた。戦争が生む悲劇や憎悪を失くそうとするベルリだが、キャピタル・アーミィとジット団の共闘、アメリア軍とドレット艦隊の連帯によって、宇宙戦艦をも撃沈する破壊力を誇るモビルスーツ群が次々と戦場に投入され、やがて戦いの場所は大気圏内に移っていく。

宇宙世紀0083年。新たに開発された2機のガンダムのうち、核弾頭を運用する試作2号機GP02Aが、ジオン軍残党デラーズ・フリートに所属するアナベル・ガトーによって強奪された。 試作1号機GP01のパイロットになったコウ・ウラキは、アナハイム社のSE、ニナ・パープルトンとともに、ガトーを追撃するために新鋭艦アルビオンで宇宙へと上がった。そのコウを迎え撃ったのは、デラーズ・フリートに参加するシーマ・ガラハウだった。　シーマに敗北を喫するコウ。その時、アルビオン艦内には、エギーユ・デラーズの演説が響き渡っていた。それはデラーズ・フリートの宣戦布告であり、星の屑作戦の開幕を告げるものだった。

2006～08年に計2シーズンが放送された人気アニメ「コードギアス　反逆のルルーシュ」を再構築した劇場版3部作の完結編。全50話のテレビアニメを再編集し、新作カットを加えて全編新規アフレコを行った。世界支配をもくろむ巨大帝国ブリタニアと、ブリタニアに反旗を翻す黒の騎士団がついに激突する。それは、黒の騎士団を率いる仮面の男ゼロ＝ルルーシュの思惑通りだったが、妹ナナリーの存在がルルーシュの計算を狂わせていく。一方、ブリタニアの第2皇子シュナイゼルが黒の騎士団に接触。ゼロの秘密を明かし、黒の騎士団の統制を内部から揺るがせようとしていた。そうして戦いは激化していき、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いも飲み込んでいくが……。

母を何者かに殺され、父である神聖ブリタニア帝国皇帝に国を追われた忘却の皇子、ルルーシュ。彼は神聖ブリタニア帝国に占領された日本――エリア11でその正体を隠しながら暮らしていた。母を死に至らしめ、妹ナナリーの目と足の自由を奪った神聖ブリタニア帝国の打倒。謎の美少女C.C.から絶対遵守の力・ギアスを授けられた時、ルルーシュの野望が実現へと向けて動き出す――。

仮面の反逆者「ゼロ」として反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を率いるルルーシュ。親友のスザクはブリタニア第3皇女ユーフェミアの騎士に任命され、それぞれの立場で力をつけていく2人だったが、ユーフェミアがエリア11副総督として行政特区「日本」の発足を発表し、大きな転機が訪れる。行政特区日本が実現すれば黒の騎士団の存在意義が失われてしまうことから、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みるが・・・。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたベルリ・ゼナム、アイーダ・スルガンらが乗艦するメガファウナは、ついに目的地である金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。地球への帰還＝レコンギスタ作戦を目論むジット団との戦いを経て、アイーダは、「フォトン・バッテリー」の生産と供給を独占している団体「ヘルメス財団」のラ・グー総裁との会談の機会を得る……。