カンザスの農場でおじさん夫婦と一緒に暮らす少女ドロシーは、ある日、竜巻に家ごと上空に巻き上げられ、愛犬のトトとともに魔法の国オズへとたどり着く。故郷の家に戻るためにはオズの魔法使いの力を借りる必要があると言われたドロシーは、早速魔法使いの住むエメラルド・シティを目指して旅に出る。その途中、臆病ライオンや脳のないカカシ、そして心を持たないブリキ男も仲間に加わり、一行は不思議な冒険を繰り広げていく。

ミヒャエル・エンデの名作ファンタジー小説を映画化。いじめっ子たちに追いかけられた少年バスチアンが、逃げ込んだ古本屋で手にした『はてしない物語』。読み進めるうちに、彼は不思議な小説の世界に引き込まれていく……。

オズの国から戻ったドロシーはオズの国の事ばかり気になり眠れない。ドロシーが流れ星を見た翌朝、めんどりのビリーナが庭に落ちていた"OZ"の印がある鍵を見つける。エムおばさんはドロシーに最新式の電気治療を受けさせようと病院へ連れて行き入院することになる。 その晩は激しい嵐にで電気治療が始まりかけた時に停電し見知らぬ少女が助けに現れる。ドロシーは病院から脱出するが、2人とも川の濁流に飲まれてしまい翌朝ドロシーが目を覚ますとオズの国に戻っていた。

人間の夢で作られた不思議な世界ファンタージェン。だが、今やそこは"無"を操る悪の女王ザイーダの侵略の危機にさらされていた。本の中から発せられる幼ごころの君の悲鳴!その助けを求める声に導かれるようにファンタージェンへ戻った少年バスチアンは、戦士アトレーユと再会。ファンタージェンを救うべく彼は今、新たな冒険の旅へ出る!"思い出マシン"により、願いごとをするたびに思い出を失っていくバスチアン。その彼が悪との戦いの最後に願ったものは?