自分を暗殺者に仕立てあげたCIAの極秘プロジェクト、“トレッドストーン計画”などに関する取材を進めていた新聞記者ロスとロンドンで接触しようとしたボーン。しかし、CIAの現地要員に監視されていたロスは、若い暗殺者に狙撃されてしまう。

看護師アナは夫と暮らすがある朝、怪物のように変貌した隣家の娘に襲われ、夫は命を奪われる。しかも夫は直後、怪物のようになって生き返る。同じころ町では原因不明だが、次々に死者たちがゾンビになってよみがえり、市民を襲っていた。家を後にしたアナは麻薬の売人アンドレなどの生存者たちと出会いながら、あるショッピングモールに到着。モールにはゾンビたちも侵入できず食料も十分だったが、そこもゾンビの群れに襲われる。

秘密諜報員イーサン・ハントの仲間は次々に傷つき、自らも負傷した。にもかかわらず、ハントは二重スパイの汚名を着せられる。追跡者から逃がれ、厳重な警備のCIAの金庫室に忍び込み、疾走する列車の屋根にしがみつき、ハントは独力で事件の謎を解明しようとする。やがて驚くべき真相が明らかに…。

不可能なミッションを遂行してきた天才的スパイのイーサン・ハントは、敵の罠に落ち、前例のない衝撃的な計画に翻ろうされてしまう。イーサンは己との戦いを克服し、成功率0％の任務を成し遂げるため、ヨーロッパやアジアへと飛ぶ。そして最高機密組織I.M.F.の新たなるメンバーとともに任務を遂行する。

エージェント"47"と呼ばれる冷徹な殺し屋は、共産主義の復興を目論む政治家の暗殺を企てる。遊説中のターゲットを見事に狙撃。完璧な仕事と思われたが、昨夜、バーで話かけてきた娼婦のニカに現場を目撃され…

休暇中のイーサンのもとに、緊急指令が下った。それはテロ集団に奪われた致死細菌“キメラ”の奪回。早速新チームが編成されるが、そこには見知らぬ女盗賊・ナイアの名があった。不審に思いながら、イーサンは彼女に接近を図る。

タヒチ沖で海難事故が続発する一方、パナマの丘陵地帯で巨大な足跡が発見される。調査にあたった生物学者ニックは、これが核実験の影響で誕生した新種の巨大生物ではないかと推測。長雨に曝されていたニューヨークへ突如、その生物－ゴジラ－が現れた。ニックはこの巨大生物がマンハッタンに巣を作ろうとしている事を突き止める。

宇宙飛行士スペンサーとアレックスは、シャトルの船外作業中の事故から奇跡的に生還する。だが地球に戻った矢先、アレックスが変死、妻ナタリーも自殺する事件が起こった。スペンサーの妻ジリアンは、元NASA局員と名乗る調査員シャーマンと接触、宇宙で連絡の途絶えた空白の2分に不審な点があること、そしてナタリーが双子を妊娠していたことを知り戦慄する。彼女もまた、夫の帰還後に双子を身ごもっていたのだ。