昔々のフローリン国。美しい娘・キンポウゲと青年・ウェスリーは互いに愛し合っていたが、ウェスリーの訃報にキンポウゲは生きる希望を失い、腹黒いフンテバーティング王子の求婚を受け入れる。

ロンドン郊外に暮らすウェンディとふたりの弟たち。ある日、自分の影を探しに来たピーター・パンと出会った三人は、妖精ティンカー・ベルの粉を浴びて空を飛び、大人にならない夢の島・ネバーランドへと向かう。そこには海賊・フック船長が待ち受けていて…。

両親と2人の弟、そして愛犬とともに平和に暮らす13歳の少女ウェンディー。ある晩、彼女の前にピーター・パンと名乗る不思議な少年が現われる。ピーターに誘われたウェンディーは、弟たちとともに、永遠に子どものままでいられる魔法の国“ネバーランド”へ向けて旅立った。その地で楽しい冒険を繰り広げる一方、ウェンディーは一向に成長せず、恋する気持ちも理解できないピーターに物足りなさを覚えるようになる。

世界的に有名な海洋探検家にして海洋ドキュメンタリー監督のスティーヴ・ズィスー（ビル・マーレイ）は、幻のジャガーザメに殺された仲間の仇を討つために、最後の航海へ乗り出す。

全寮制の学校へ行きたくない少女ウェンディ・ダーリングは、大人になることを拒む少年ピーター・パンと出会う。兄弟たちや小さな妖精ティンカー・ベルとともに、ウェンディはピーターに導かれ、魔法の世界ネバーランドへと旅立つ。そこで彼女は、邪悪な海賊フック船長に立ち向かい、人生を永遠に変えるような胸踊る冒険へと乗り出す。