鈴木英雄（大泉洋）35歳。職業：漫画家アシスタント。彼女とは破局寸前。 そんな平凡な毎日が、ある日突然、終わりを告げる…。徹夜仕事を終えアパートに戻った英雄の目に映ったのは、彼女の「異形の姿」。一瞬にして現実の世界は崩壊し、姿を変えて行く。謎の感染によって人々が変貌を遂げた生命体『ZQN（ゾキュン）』で街は溢れ、日本中は感染パニックに陥る。標高の高い場所では感染しないという情報を頼りに富士山に向かう英雄。その道中で出会った女子高生・比呂美（有村架純）と元看護師・藪（長澤まさみ）と共に生き残りを懸けた極限のサバイバルが始まった…。果たして彼らは、この変わり果てた日本で生き延びることが出来るのか。そして、英雄は、ただの英雄（ひでお）から本当の英雄（ヒーロー）になれるのか！？

T-ウイルスは世界中に蔓延し、遂に東京でも感染者が出た。そして、世界滅亡のカウントダウンが始まった。それから4年後。アンブレラ社は東京、渋谷の地下に巨大要塞を築き、アルバート･ウェスカー議長の指示の下で実験を繰り返していた。その地下要塞を、アリスが自身のクローンたちと共に襲撃。地下要塞は壊滅的なダメージを受ける。 ウェスカーは地下要塞をあっさり見限り飛行機で一人逃亡、予め仕掛けていた特殊爆弾[4]を爆破する。クローンアリスもろとも東京は地下要塞ごと壊滅した。 ウェスカーは勝利を確信するが、オリジナルのアリスは生き延びてウェスカーと同じ飛行機の中にいた。アリスはウェスカーを追い詰めるが、不意打ちを受けて取り逃がしてしまう。

西暦2346年新都市ヨコハマ──想像を絶するクライマックスがあなたを襲う！生き残るため人口抑制政策をとる新都市ヨコハマを舞台に支配者とレジスタンスとの戦いを描くアクション・エンタテインメント！3強初対決シリーズ遂にファイナル！