In 1985 wist de politieagent Kung Fury uit Miami een doorgedraaide arcademachine te verslaan. Dit leidde tot grote schade in de stad en Kung Fury kwam daarom in conflict met de politiechef. De politiechef wilde dat Kung Fury een partneragent kreeg.
Het filmpje begint op het platteland, waar een boer genaamd Ernie (gemodelleerd naar het personage Linguini uit Ratatouille) ligt te slapen in zijn huis. Vanuit de lucht daalt een UFO neer. Aan boord bevindt zich een jonge alien genaamd Stu, die een examen in het ontvoeren van mensen moet afleggen onder toezicht van zijn instructeur, Mr. B. Hiertoe moet hij met een trekstraal Ernie succesvol uit zijn bed tillen, en door het raam naar de UFO halen.
In het jaar 2024 is COVID-23 gemuteerd tot het punt waarop het sterftecijfer meer dan 50 procent bedraagt en de wereld reeds vier jaar in lockdown zit. De besmette Amerikanen worden uit hun huis gedwongen en naar quarantainevoorzieningen gebracht. Nico is een koerier die immuun blijkt voor het virus. Via zijn werk komt hij in contact met Sara met wie hij het goed kan vinden, al kunnen de twee te midden van de noodtoestand en avondklok maar moeilijk een relatie beginnen.
Annie is op kampeervakantie als ze Charlie en één van de Critters-jagers ontmoet, die haar waarschuwen en vertellen van het verleden. Een aantal cocons hecht zich aan haar wagen, waardoor alle huurders in het gebouw waar ze woont gevaar lopen.
The Intruder was Toonami's eerste Total Immersion Event (T.I.E.). Het ging in première op 18 september 2000 en wordt herinnerd vanwege de dood van TOM 1 en de geboorte van TOM 2.