De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.

Het is een jaar geleden dat de oorlog tussen de Aarde en de koloniën voorbij is. Heero, Duo, Trowa en Quatre doen afstand van hun Gundams en schieten deze naar de zon. Net als de Gundam Pilots zich hebben aangepast aan vrede op Aarde, wordt Relena Darlain ontvoerd en een nieuwe bedreiging ontstaat, onderleiding van Marimeia Kushrenada. Om het nog gecompliceerder te maken is Wufei in zee gegaan met deze fractie. De Gundam-piloten moeten achter hun Gundams aan en opnieuw de strijd aangaan, voordat Marimeia's troepen erin slagen hun lust voor totale overheersing te verwezenlijken.

Een 17-jarige jongen gaat op reis met zijn vader en de vriendin van zijn vader.

Keith dagdroomt te midden van een broos leven als pianoleraar, terwijl ze haar leerling Anna observeert - een dochter die in een rijk, glamoureus huis woont - en interesse toont in het leven van een dakloos meisje, Pia, dat vol artistieke expressie zit. en liefde.