De to søstre, Mei og Satsuki, flytter på landet med deres kærlige, men nogle gange også lettere distræte far. Huset er hjemsøgt af små, levende nullermænd, som dog ikke er mere faretruende, end at de forføjer sig bort, så snart det runger af latter i stuerne. Den yngste pige falder ned i et dybt hul i jorden og vækker et af underskovens fabeldyr til live. Sammen med denne vidunderlige, flyvske og vennesæle ’skovvogter’ – Totoro, hedder den – begiver børnene sig ud på de mest fantastiske flyveture gennem og over skovene, bl.a. i en blød, tolvbenet kattebus, hvor dyrets øjne fungerer som billygter. Imens vokser den lille Totoro sig stadigt større, uden at den af den grund holder op med at ligne en forvokset kanin!

Section 9 får hænderne fulde da "The laughing man", en berygtet cyber terrorist som har holdt lav profil i de sidste 6 år pludselig dukker op igen. Aramaki tror at politiet hovedmistænkte er en lokkedue, og han beordrer derfor sine folk til at undersøge sagen nærmere. Major Motoko Kusanagi er grundet "The Laughing mans" seneste trussel, imidlertid på en opgave for at beskytte politiets general direktør ved en presse konference. Dette bliver begyndelsen på Section 9's mange møder med "The Laughing man". I mellemtiden har de fået til opgave at pågribe en udenlandsk revolutionær og samtidig sætte en stopper for det der ligner en organ smugler ring. Majoren og Section 9 er stærkt besluttet på at få disse kriminelle pågrebet!

Sangskriveren Dave Seville er i dyb krise indtil de tre jordegern Alvin, Simon og Theodore en dag flytter ind. Gnaverne kan nemlig ikke blot tale, de synger også røven ud af bukserne. Med Daves sange bliver trioen et kæmpe hit, men Alvin og Co. lader succesen stige sig til hovedet og truer med at gå solo uden Dave.

Edward Douglas er eneste overlevende fra et skibsforlis, da han samles op af Montgomery og sejles til en isoleret ø. Her holder den meget dygtige genetist Dr. Moreau til. Han skulle efter sigende ellers have været død i mange år. Edward finder efterhånden ud af, hvad Moreau har eksperimenteret med i alle disse år: Et rystende og skræmmende forsøg på at krydse menneske- og dyre-DNA i håb om at skabe en bedre menneskerace. Men hans eksperiment er en tikkende bombe. For Dr. Moreau har overtrådt den mest fundamentale overlevelsesregel: "Den stærkeste overlever"...