De to unge fupmagere Miguel og Tulio har fuppet sig til Latinamerika, hvor de i byen Eldorado modtages som guder. Men de bliver til en lus mellem to negle i stridighederne mellem høvding Tannabok og medicinmanden Tzekel-Kan, statens kamp mod religionen. Heldigvis hjælper indianerpigen Chel dem. Imens er den legendariske indianerslagter Cortez og hans flåde også ved at finde Eldorado, hvilket kan vise sig at blive den største trussel af dem alle.

Det er jul i New Yorks zoologiskhave. Den yngste pingvin finder ud af at isbjørnen ikke har nogen at fejre jul med, og begiver sig på en mission for at finde en julegave til ham. Men noget går galt, og han bliver kidnappet af en gammel dame. Nu må de tre resterende pingviner hjælpe deres tilfangetagede kammerat, for som pingvinernes grundregler siger: 'Bad aldrig i varm olie og kagemiks', eller var det 'svøm aldrig alene'?

På grund af radioaktiv stråling muterer fire unge skildpadder, så deres intelligens og størrelse får en ordentlig vitaminindsprøjtning. De tre gutter bor i kloaksystemet under New York, hvor de hyggesnakker og spiser pizza. Under den muterede rotte Splinters kyndige vejledning øver padderne sig kung fu. Det bliver der god brug for, da skurken Shredder kommer på banen!

Løven Alex, zebraen Marty, giraffen Melman og flodhesten Gloria hygger sig på Madagascar. Da de får mulighed for smuttur hjem til New York, så de siger ja tak. De får nemlig flyvelejlighed med de tre pingviner, der i sin tid var skyld i, at de havnede på Madagascar. De fire venner kommer dog ikke længere end til Afrika, og her finder de ud af, at der findes andre giraffer, løver, zebraer og flodheste end dem.

Stakkels Obelix er ramt af Amors pil. Han bliver vanvittigt forelsket i den søde Lillefix. Men desværre - Lillefix er allerede forlovet med den flotte Tragicomix. Romerne tager ved en fejltagelse Tragicomix til fange og sender ham til fremmedlegionen. Klædt ud som romere begiver Asterix og Obelix sig afsted for at hjælpe Lillefix. Der bliver kaos, da Asterix og Obelix lader sig hverve til fremmedlegionen. Obelix nægter at modtage ordrer, og det bliver ikke bedre, da Asterix mister sin lille flaske med trylledrik. Vore to venner havner på gladiatorskole, og snart skal de vise den store Cæsar, hvad de har lært...

Helten blev tilbage i Atlantis med sin nye kærlighed, Prinsesse Kida, mens resten af ekspeditionen vendte tilbage til Jordens overflade. Imidlertid visser det sig ikke at holde bare at "glemme" Atlantis. Et forfærdeligt havuhyre dukker op og synes at være forbundet med Atlantis, så venner må have fat i Milo og Kida igen. Snart sker der også mystiske ting ude i ørkenen, og til sidst forsvinder et spyd fra Whitmores samling. Alt sammen pager hen mod en truende katastrofe, som denne gang ikke blot vil ramme Atlantis, men hele Jorden.

Andet kapitel af historien om de fire muterede skildpadder, der fra deres skjul i New Yorks kloakker stiger op i dagens lys for at bekæmpe den onde Shredder, som har i sinde at bemægtige sig New York ved hjælp af muterede kæmpe-uhyrer.

Ved et tilfælde bliver April sendt tilbage i tiden til det 17. århundredes Japan. De tre ninjapadder sætter straks efter hende. I det gamle Japan må de 4 gutter overvinde en række samuraier anført af den lede Lord Norinaga inden de kan vende tilbage til kloakkerne under nutidens New York.