悪と戦い、人々を守ってきたヒーロー達だったが、驚異的なパワーに非難の声が高まり、彼らはその活動を禁じられていた。そんなある日、かつてヒーロー界のスターだったボブとその家族のもとに、復活をかけたミッションが舞い込むが、ミッションを任されたのは妻のヘレンだった。留守を預かることになったボブは、慣れない家事・育児に悪戦苦闘する。しかも、赤ちゃんジャック・ジャックの驚きのスーパーパワーが覚醒してしまう。

アーケードゲームの世界に住む優しい悪役のラルフと親友の天才レーサー・ヴァネロペは、レースゲーム「シュガー・ラッシュ」が故障し廃棄処分の危機にあることを知り、部品を調達するためインターネットの世界に飛び込む。見るもの全てが新鮮で刺激的な世界に夢中になるヴァネロペと、早くもとの世界に帰りたいラルフは少しずつすれ違っていく。

クリスマスイブの日。ジェリーが住む劇場で開催されていたバレエ「くるみ割り人形」を見たジェリーと仔ネズミのニブルスは、自分たちも踊ることを夢見る。するとクリスマスの奇跡が起こり、その夢が実現。空っぽの舞台はおもちゃの国に変わり、ジェリーはオモチャの国の王様役に変身、バレリーナ人形と踊る。 ところがそこにトムたち野良猫が乱入し、彼らを率いる猫のボスが王国を乗っ取ってしまう。 こうなったらオモチャたちの作者「トイメーカー」に助けてもらうしかないとジェリーは彼に会いに旅立つ。仲間の顔ぶれは本物のオモチャになりたいオーナメントのポーリー、気の小さい木馬のネリー。ところが、猫の王様はトム率いる猫の兵隊たちを追っ手に放つ。果たして、ジェリーはトイメーカーの元にたどり着き、王国と捕らわれのバレリーナを救出できるか。