Takezo beslutter sig til at droppe tilværelsen som omrejsende og slutter sig til Shogun, Japans mest magtfulde klanleder. På samme tid udfordres han til duel af Sasaki Kojiro, en talentfuld kriger. Takezo accepterer udfordringen, men beder om et års forberedelsestid. Han vælger at leve uden Shoguns beskyttelse og slår sig ned i udkanten af en landsby, hvor han dyrker grøntsager. Otso og Akemi følger ham dertil. Begge kvinder er forelskede i ham. Efter at Takezo har hjulpet landsbyen i et opgør med banditter, søger han kærligheden hos Atso, og så rejser han endelig til Ganryu Island for at kæmpe sit livs endelige kamp.

Efter i flere år at have tilkæmpet sig et ry som Japans største og mægtigste fægter returnerer Takezo til Kyoto. Han vender ikke alene hjem for at finde sin store kærlighed, Otsu, men også for at udfordre lederen på en af områdets bedste fægteskoler. Takezo beviser sit værd, og nu bliver han opsøgt af Akemi, der udtrykker sin længsel efter ham. En anden mægtig fægter, Sasaki Kojiro, holder også øje med Takezo. Han er fast besluttet på en dag at besejre ham. Efter sine triumfer erklærer Takezo Otsu sin kærlighed, desværre på en måde, der sætter hende i et dårligt lys, og derfor må han endnu engang rejse fra byen, alene.

Matahachi og hans bedste ven, Takezo, forlader deres landsby for at slutte sig til hæren. Efter at have lidt nederlag i krigen søger de tilflugt hos en enke og hendes datter. Matahachi lader sig forføre af enken, Oko, og glemmer alt om sin trolovelse med den kyske Otsu. Matahachi, Oko og hendes datter Akemi rejser bort sammen, mens Takezo vender tilbage til landsbyen. Her beretter han om rejsen, men da Matahachis familie nægter at tro på fortællingerne, bliver Takezo arresteret for forræderi og har udsigt til en dødsdom. En munk redder ham og dømmer ham til at studere samuraiens love. Otsu og Takezo forelsker sig, og hun lover at vente på ham, mens han drager ud i verden for at lære samuraiens kunst.

I det sjette og sidste film af Lone Wolf og Cub serien, er den endelige konflikt mellem Ogami Itto og Yagyu klan udføres.