Una aeronau llisca sobre un mar de núvols en una nit de lluna plena. Muska, un agent secret del govern, acompanya a una noia anomenada Sheeta a la fortalesa de Tedis. Sobtadament la nau és atacada pels pirates que, igual que el govern, busquen el secret de la pedra màgica de levitació que Sheeta porta al voltant del coll. La pedra és la clau que obrirà les portes de la Fortalesa celeste, una illa flotant enmig del cel creada per una misteriosa raça que fa molt de temps va desaparèixer del planeta. Pazu, un noi, es fa amic de la Sheeta i l'ajuda a escapar dels seus perseguidors i junts es disposen a resoldre el misteri de la Fortalesa Celeste. Quan la Sheeta i en Pazu inicien el seu viatge cap a la Fortalesa Celeste, engeguen una cadena d'esdeveniments irreversibles. En aquest misteriós lloc trobaran un tresor molt més gran que el poder de governar el món.
L'Scooby-Doo i tota la colla emprenen un aterridor creuer cap a un dels llocs més misteriosos del món: el llegendari Triangle de les Bermudes. A alta mar, hauran de fer front a aparicions alienígenes i a espantosos pirates fantasmes que els encanta enfonsar creuers a canonades. Però les coses empitjoren encara més quan els pirates segresten els pares d'en Fred. Si l'Scooby-Doo, en Shaggy i companyia no poden resoldre aquest misteri marítim, els llançaran al mar i es convertiran en les següents víctimes del maleït Triangle. Atenció, navegants: pirates a la vista!
Uta — la cantant més estimada del món. La seva veu, amb què canta mentre amaga la seva veritable identitat, ha estat descrita com "d'un altre món". Ella apareixerà en públic per primer cop en un concert en viu. A mesura que el lloc s'omple amb tota mena de fanàtics d'Uta: pirates emocionats, l'Armada observant de prop i els Barrets de Palla liderats per en Ruffy que simplement van venir a gaudir de la seva actuació sonora, la veu que tothom ha estat esperant és a punt de ressonar. La història comença amb el impactant fet que ella és la “filla de Shanks”.
L'argument gira al voltant d'en Bob Esponja i els seus inseparables amics del mar, com ho són en Patrick Estrella i la Sorreta l'esquirol, i altres personatges de la sèrie en què es basa, com en Balamar i el senyor Krank. En aquesta ocasió en Bob Esponja i la colla s'embarquen en una aventura en què hauran de trobar una recepta robada, cosa que portarà els personatges de Baixos de Bikini fins a la nostra dimensió. La pel·lícula barreja animació i escenes d'acció real.
Els prínceps Odette i Derek passen l'estiu ajudant a la gent que ho necessita. De mentre la seva filla, la princesa Alise, es queda amb la reina Uberta que vol convertir-la en una perfecta princesa. Però el que ella vol de veritat és convertir-se en una intrèpida pirata.