Het verhaal gaat over Sheeta, een meisje met een mysterieuze steen. Ze wordt achterna gezeten door piraten en het leger. Met behulp van de steen kan men namelijk Laputa vinden. Laputa is een legendarische stad die in de lucht zou zweven.
24e eeuw. Het universum zoals wij dat kennen is geleidelijk onder het juk van machtige maffia-organisaties gevallen. De meest angstaanjagende van allemaal, de Space Pirates Guild, is gretig op zoek naar de enige man die tegen hen in opstand is gekomen, een eenzame piraat wiens naam resoneert als een legende: Cobra! Planeet Venus.
Mystery Inc. vertrekt naar Blowout Beach voor een swingend standfeest. De jaarlijkse Blowout Beach Bash belooft drie heerlijke dagen aan het strand te worden, maar de bende komt er al snel achter dat een stel spookpiraten roet in het eten gooit.
De magie begint als de jongen-die-nooit-volwassen-wordt het raam van de kinderkamer van de familie Van Dalen binnen vliegt. Hij is op zoek naar zijn verdwenen schaduw.
Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian en Suneo gaan op een avontuur in de Caraïbische Zee. Nobita is de kapitein van het schip en vecht met zijn vijanden aan boord. Shizuka wordt echter ontvoerd en een storm bedreigt hun reis.
De special vindt plaats gedurende de twee jaar voordat de Straw Hats zich herenigen op Sabody. Luffy is momenteel in Rusukaina-training om sterker te worden om de Nieuwe Wereld aan te kunnen. De training wordt echter onderbroken wanneer de zussen van Hancock, Marigold en Sandersonia, worden ontvoerd door de Byrnndi World, een piraat die was opgesloten op niveau 6 van Impel Down, maar ontsnapte tijdens de invasie van Luffy om Ace te redden, om Hancock naar hem toe te lokken en te gebruiken haar als gijzelaar tegen de Wereldregering vanwege haar Shichibukai-status. Dus gaan Luffy en Hancock op pad om hem te confronteren en Hancocks zussen te redden.
Kapitein Sabeltand en zijn bemanning nemen het op tegen een verbrande vampier, een manipulerende koningin, een gewelddadig apenleger en twee jonge piraten terwijl ze op jacht zijn naar de magische diamant.
Tom is een arme scheepsjongen en vaart met de grootste en slechtste piraat op zee, de beruchte Kapitein Red. Tom denkt dat het zijn geluksdag is, wanneer hij een geheimzinnige fles vindt die een schatkaart bevat. Tom’s droom is het vinden van de schat.
Een niet al te succesvolle, chaotische en bebaarde piraten-kapitein (Hugh Grant) moet samen met zijn crew hun grote droom waar maken, namelijk de bittere rivalen Black Bellamy en Cutlass Liz verslaan om de grote prijs; 'Piraat van het Jaar'. Tussen de hevige strijd en het grote avontuur door ontmoeten de piraten onder andere de bekende Charles Darwin en een pratende chimpansee.
Omdat haar ouders weg zijn, moet de jonge prinses Alise tijd spenderen met haar grootmoeder, koningin Uberta. Zij wil Alise opleiden tot een echte adellijke dame, maar Alise wil niets liever dan piraat zijn. Samen met Lord Rogers, Jean-Bob en Speed gaat ze op een zeereis.