近未来の日本。ドッグ病が大流行するメガ崎市では、人間への感染を恐れた小林市長が、すべての犬を“犬ヶ島”に追放する。ある時、12歳の少年がたった一人で小型飛行機に乗り込み、その島に向かった。愛犬で親友のスポッツを救うためにやって来た、市長の養子で孤児のアタリだ。島で出会った勇敢で心優しい5匹の犬たちを新たな相棒とし、スポッツの探索を始めたアタリは、メガ崎の未来を左右する大人たちの陰謀へと近づいていく─。

母親を猟師に殺され、ふくろうのビッグママの計らいによって心優しいトゥード未亡人の家で育てられることになった子ぎつねトッド。ある日、トッドは、近くに住む猟師の家で猟犬の子コッパーに出会い、すぐに仲良しになる。だが、成長したトッドは野生に返されることになり、一方のコッパーも一人前の猟犬として訓練を受けることになった。やがて2匹は森の中で再会を果たすが、もはや彼らは敵同士となっていた。

スランプの作家、クビ寸前の編集者、作家志望の学生などの面々が揃った、可笑しくてちょっと切ない大人の物語。“ワンダー・ボーイ”とは人生の早いうちに大きな成功を手にした人のことなのだが……。

1939年のアメリカルイジアナ州ニューオーリンズで雑種のシェパード犬チャーリーとブルドッグのカーフェイスは犬用カジノを経営していた。しかし儲けの半分を分けることに嫌気のさしたカーフェイスはチャーリーとその相棒であるダックスフンドのイッチーを嵌めて犬用の刑務所に収監させてしまう。 その後チャーリーとイッチーは脱獄に成功しカジノに舞い戻るが、カーフェイスに嵌められたと気付いていないチャーリーはカーフェイスの策略により車と共に川に突き落とされ死亡する。死んだチャーリーは犬の天国に行くが、カーフェイスに対する復讐の捻により死に切れず命の時計を奪い下界に舞い戻る。

スクービーと彼の仲間の冒険の続きで、今回はクールズビルの街を恐怖に陥れる悪の計画を持つ匿名の仮面の男に直面します。