Matsumoto heeft zijn verloving met Sawako verbroken om met de dochter van zijn rijke directeur te trouwen. Maar wanneer hij hoort dat zijn voormalige geliefde haar verstand heeft verloren bij een zelfmoordpoging, keert hij naar haar terug.
Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht.
Wanneer een belangrijke gangsterbaas wordt vermoord, krijgt diens sadistische rechterhand Kakihara opdracht de dader op te sporen. Door getuigen aan vreselijke martelingen te onderwerpen, ontdekt Kakihara dat zijn baas werd vermoord door Ichi, een geheimzinnige jongeman die zijn tegenstanders met vlijmscherpe messen in zijn laarzen aan reepjes snijdt.
Drie rockende motorfietsers trekken verkrachtend en moordend door het Amerikaanse achterland. Tot zij op een man botsen die moedig genoeg is om zich te wreken op de aanval op zijn vrouw. Deze man stuit weer op een vrouw die door de bende voor dood is achtergelaten, en zij moet tegen haar zin met hem mee op zijn wraaktocht...