「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

ジョゼフ・デルテーイの小説版による“ジャンヌ・ダルク裁判”の物語で、間違いなくサイレント映画の一つの到達点だろう。“悪魔の子”とされ拷問を受けるジャンヌが苦しみに一度は屈服し、囚人として髪を刈られるシーンの厳しさ（実際に髪を切られ涙するクローズ・アップ）、そして自分を持ち直し、あえて火刑台に向かい火にかけられ、苦悶に顔を歪める瞬間、見る者をも貫く痛み（これも鮮烈なクローズ・アップで表現される）。

歴史学者ベンのもとに古美術商のウィルキンソンが訪れる。彼がベンに見せたのはリンカーン大統領暗殺事件の犯人ジョン・ウィルクス・ブースの日記の失われた18ページだった。そこにはベンの祖先が暗殺事件に関与していたという記録が残っていた。ベンは、歴史的な遺産に隠された数々の暗号を解読しながら、一族にきせられた汚名を晴らすべく真相の究明に奔走する。