De mysterieuze Ultraman, Tregear, is plotseling verschenen in Ayaka City. Tregear vraagt wat iemand zou doen om hun dromen waar te maken, wat Katsumi ertoe aanzet op zoek te gaan naar zijn eigen droom. Als er voor het eerst in een jaar een monster verschijnt, worden Ultraman Blu en Ultraman Rosso vergezeld door Ultraman Geed om deze nieuwe dreiging het hoofd te bieden. Op weg naar hun droom met het hart van de Minato-familie in de hand, wordt Ultraman Gruebe geboren.
Astronauten Glenn en Fuji onderzoeken Planeet X en ontmoeten mysterieuze buitenaardse wezens die bekend staan als de Xiliens, die de mensen op aarde vragen om hun wereld te redden van 'Monster Zero'. In ruil voor het lenen van Godzilla en Rodan bieden de Xiliens een geneesmiddel tegen kanker aan. Terwijl Glenn onderzoek doet, ontwikkelt hij een romance met juffrouw Namikawa en ontdekt hij de ware bedoelingen van de Xilien.
Godzilla, een enorme vuurspugende draak, wordt in zijn slaap gestoord door kernproeven die op zijn eiland worden uitgevoerd. Het beest baant zich een weg naar Tokio en richt daar enorme schade aan. De Amerikaanse journalist Steve Martin is toevallig in de buurt en probeert samen met zijn vriend Dr. Daisuke Serizawa een manier te vinden om het monster te vernietigen.
Neem de personages uit een aantal op sciencefiction gebaseerde animes, een podium dat lijkt op 'Wacky Races', super vervormde waanzin en algemene waanzin, en wat je krijgt is Scramble Wars. Hoewel Scramble Wars personages bevat uit de originele Bubblegum Crisis, Gall Force en Genesis Survivor Gaiarth, bevat het ook een paar andere personages uit andere animes zoals AD Police en Riding Bean.