ゲーテの戯曲「ファウスト」をシュヴァンクマイエルが自ら翻案し映画化した「アリス」に続く長編2作目。実在したとされる魔術師の伝説が独自の解釈によってつづられ、奇妙な生物たちの姿や独特な食事描写などが実写・粘土細工・ストップモーションアニメーションなどを駆使して描かれていく。

空想好きのサラは、女優を夢見る15歳の少女。ある土曜、両親が連れ立って外出し、彼女はまだ赤ん坊の弟トビーの世話を頼まれる。ぐずるトビーに、サラが愛読書の「ザ・ラビリンス〈迷宮〉」を読んで聞かせると、なんとトビーの部屋の片隅から突然黒い影が動き出し、“迷宮”の魔王ジャレスが現われる。ジャレスはトビーをさらうと姿を消してしまい、サラは後を追って数々の罠が待ち受ける迷宮へと足を踏み入れる。

すべての人間の手足や頭から糸が伸び、天へと伸びているマリオネットの世界があった。ヘバロン王国の国王が、ある日、自らの頭の糸を切って自害し、息子のハル王子に王位を譲ろうとする。だが、腹黒い王弟、ニゾが兄の遺書を握りつぶし、その死を敵対する一族の仕業に見せかけたため、王子は父の仇（かたき）を討つために旅に出ることになり……。

前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。

マペットハウスに住むゴンゾは自分が誰にも似ていないことに気づく。そんな時、シリアルからのお告げで空を見上げているとゴンゾの家族は宇宙にいると教えられる。ところが、家族に会うことを心待ちにするゴンゾの前に突然、政府の秘密組織CONVETが現れ、彼を連れ去ってしまう。

南極に存在したピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生するという衝撃のラストシーンで前作は終わった……。しかし、それはこれから地球で起こる惨劇の序章でしかなかった！ プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求めて飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして遂に始まった、人類の眼前で次々と繰り広げられる壮絶かつ凄惨な戦い……。史上最も恐ろしい２大モンスターの激突の行方は？　そして人類を巻き込んだ戦いの果てに待ちうける、驚愕の結末とは？　人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。果たして地球に明日はあるのか？