Dos anys després de derrotar els Decepticons, les vides de Sam i els Autobots han canviat molt. Mentre Sam es prepara per anar a la universitat, els seus amics robots s'han integrat en una força d'elit que captura enemics renegats. Però tot canvia amb l'arribada d'un enemic malvat que, amb un pla enrevessat, planeja un nou alçament dels Decepticons. La humanitat torna a estar en perill, i Sam i els Autobots hauran de formar una vegada més equip per salvar-la.

Arran de la mort de la seva mare i, més tard, de la seva germana en un tràgic incident, la Babydoll, una noia de 20 anys, és internada en una institució per a malalts mentals. Amb l'objectiu d'ocultar els fets, el seu padrastre suborna en Blue, un dels interns, perquè falsifiqui la firma de la doctora Gorski i li practiquin una lobotomia. La noia, per suportar la crua realitat del centre, es crea un món irreal i alhora fantàstic on ha de trobar, amb l'ajuda de les seves companyes, cinc objectes per aconseguir la llibertat. La realitat alternativa de la Babydoll converteix el manicomi en un bordell, i la recerca dels objectes, en una guerra ambientada en un món futurista.