リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為にスパイロボットを各地へ配置していた。

旅を続けるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれは、ミュウツーの罠だった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡り、ある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルからさらに強いポケモンをつくり、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン“ミュウツー”だった。

対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、武器密売組織の拠点に突入し探索中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙するが逃してしまう。一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、大学で死者が甦り、凶暴化する事件の調査、研究する中、新型ウィルスの関与を突き止め、治療薬開発に成功するが直後、研究所が何者かに襲撃される。クリスは協力を求めて新型ウィルス事件に詳しい大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディのもとへ向かい、再会した二人は、アリアスのバイオテロ阻止のためニューヨークへと向かう。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

オレンジ諸島の旅を続けるサトシたちの船が突然の嵐で流され、アーシア島に漂流する。お祭りで賑わうその島で、サトシは島の少女・フルーラに祭りの行事である"すぐれたあやつり人"の役目をおわされた。その頃、世界中の珍しい物を集める謎のコレクター、ジラルダンが、海の神と呼ばれる幻のポケモン、ルギアを手に入れようと画策していた・・・

炎に包まれたニブルヘイム。ティファは逃げろという師ザンガンを振り切り父を救うため魔晄炉のセフィロスの下へと行ってしまう。そのことを聞いたザックスもセフィロスの下へ向かい、魔晄炉でソルジャー同士の戦いが始まる。しかし、ソルジャークラスファーストのザックスもセフィロスには及ばず倒れてしまう。セフィロスがジェノバの首を斬り取った瞬間、後ろから一人の神羅兵に刺される。その後ティファを抱きかかえたその顔は、クラウドだった。ザックスからセフィロスにとどめをさせといわれたクラウド。バスターソードを再び手に取り立ち向かうクラウドだが逆に正宗を胸に突き立てられ形勢を逆転させられてしまう。しかし、クラウドは刺さった正宗を掴みセフィロスを振り払った。セフィロスはそのクラウドの様子に不適な笑みを浮かべ、ライフストリームに降りていった。その後駆けつけた神羅、ツォン、宝条らは、クラウドとザックスを収容する。

妻子を殺され、いまだ犯人が捕まらないニューヨーク市警の刑事マックス・ペインは、単独で捜査を続けていた。そんなある時、ドラッグ中毒の女性ナターシャが殺害される事件が発生し、マックスは妻子の事件と共通点があることを発見するが……。

裕福な家庭に生まれ、大好きな父親にカンフーを習い、幸せいっぱいの暮らしの中で育った少女チュンリー。しかしある日、彼女の目の前で父親が誘拐されてしまう。10年後、美しい女性へと成長したチュンリーは、悪の組織に拉致された父親の行方を捜すことを決意し、厳しい修行を重ねて“ストリートファイター”となる。