いつものように追いかけっこをしていたトムとジェリーは、間違って火星行きのロケットに乗り込んでしまい、地球を飛び出してしまう。宇宙船の乗船員ビフ＆バズは臆病者で、火星に着いたと思ったらすぐに地球にとんぼ返り。なんとトムとジェリーは火星に取り残され、火星人に見つかってしまう。ピンチに追い込まれた2匹は、火星人の女の子ピープの助けで何とか逃げ出すが…。

1910年のニューイングランド。明後日は独立記念日。前作から半年たちジムの子供やレディとトランプの子供たちは大きくなり幸せな毎日を送っていた。しかし、スキャンプだけは違い毎日の生活に退屈を感じていた。スキャンプは部屋を汚し、罰として鎖に繋がれた。その時廃品置き場の犬たちやエンジェルと会い野良犬として生きる道を選んだ。そこには楽しそうに暮らす野良犬たちがいた。そんな時父親のトランプの過去を知る。